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  1. Artikel ; Online: Publisher Correction: Expanding the arsenal of bacterial spearguns.

    Righetto, Ricardo D / Engel, Benjamin D

    Nature microbiology

    2022  Band 7, Heft 5, Seite(n) 738

    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-03-10
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Published Erratum
    ISSN 2058-5276
    ISSN (online) 2058-5276
    DOI 10.1038/s41564-022-01102-2
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  2. Artikel ; Online: Expanding the arsenal of bacterial spearguns.

    Righetto, Ricardo D / Engel, Benjamin D

    Nature microbiology

    2022  Band 7, Heft 3, Seite(n) 363–364

    Mesh-Begriff(e) Bacteria/genetics ; Bacteroidetes
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-03-04
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Comment
    ISSN 2058-5276
    ISSN (online) 2058-5276
    DOI 10.1038/s41564-022-01078-z
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  3. Artikel ; Online: Visualizing a Carbon-Fixing Nanowire Inside Bacteria

    Ricardo D. Righetto / Benjamin D. Engel

    CHIMIA, Vol 77, Iss

    2023  Band 5

    Schlagwörter Anaerobic bacteria ; Carbon fixation ; Cyro-electron microscopy ; Electron transfer ; Enzyme ; Nanowire ; Chemistry ; QD1-999
    Sprache Deutsch
    Erscheinungsdatum 2023-05-01T00:00:00Z
    Verlag Swiss Chemical Society
    Dokumenttyp Artikel ; Online
    Datenquelle BASE - Bielefeld Academic Search Engine (Lebenswissenschaftliche Auswahl)

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  4. Artikel ; Online: Chlorophyll biogenesis sees the light.

    Wietrzynski, Wojciech / Engel, Benjamin D

    Nature plants

    2021  Band 7, Heft 4, Seite(n) 380–381

    Mesh-Begriff(e) Chlorophyll ; Chloroplasts ; Light-Harvesting Protein Complexes
    Chemische Substanzen Light-Harvesting Protein Complexes ; Chlorophyll (1406-65-1)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-04-19
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Comment
    ISSN 2055-0278
    ISSN (online) 2055-0278
    DOI 10.1038/s41477-021-00900-6
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  5. Artikel ; Online: Integrating cellular electron microscopy with multimodal data to explore biology across space and time.

    McCafferty, Caitlyn L / Klumpe, Sven / Amaro, Rommie E / Kukulski, Wanda / Collinson, Lucy / Engel, Benjamin D

    Cell

    2024  Band 187, Heft 3, Seite(n) 563–584

    Abstract: Biology spans a continuum of length and time scales. Individual experimental methods only glimpse discrete pieces of this spectrum but can be combined to construct a more holistic view. In this Review, we detail the latest advancements in volume electron ...

    Abstract Biology spans a continuum of length and time scales. Individual experimental methods only glimpse discrete pieces of this spectrum but can be combined to construct a more holistic view. In this Review, we detail the latest advancements in volume electron microscopy (vEM) and cryo-electron tomography (cryo-ET), which together can visualize biological complexity across scales from the organization of cells in large tissues to the molecular details inside native cellular environments. In addition, we discuss emerging methodologies for integrating three-dimensional electron microscopy (3DEM) imaging with multimodal data, including fluorescence microscopy, mass spectrometry, single-particle analysis, and AI-based structure prediction. This multifaceted approach fills gaps in the biological continuum, providing functional context, spatial organization, molecular identity, and native interactions. We conclude with a perspective on incorporating diverse data into computational simulations that further bridge and extend length scales while integrating the dimension of time.
    Mesh-Begriff(e) Biology ; Cryoelectron Microscopy/methods ; Electron Microscope Tomography/methods ; Microscopy, Electron ; Microscopy, Fluorescence ; Time ; Computer Simulation
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2024-02-02
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Review
    ZDB-ID 187009-9
    ISSN 1097-4172 ; 0092-8674
    ISSN (online) 1097-4172
    ISSN 0092-8674
    DOI 10.1016/j.cell.2024.01.005
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 1167: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (1.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MG 58: Hefte anzeigen

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  6. Artikel ; Online: Biologic Adjuvants to Rotator Cuff Repairs Induce Anti-Inflammatory Macrophage 2 Polarization and Reduce Inflammatory Macrophage 1 Polarization In Vitro.

    Hawthorne, Benjamin C / Engel, Sam / McCarthy, Mary Beth R / Cote, Mark C / Mazzocca, Augustus D / Coyner, Katherine J

    Arthroscopy : the journal of arthroscopic & related surgery : official publication of the Arthroscopy Association of North America and the International Arthroscopy Association

    2024  

    Abstract: Purpose: To examine the effect of various biologic adjuvants on the polarization of macrophages in an in vitro model for rotator cuff tears.: Methods: Tissue was harvested from 6 patients undergoing arthroscopic rotator cuff repair. An in vitro model ...

    Abstract Purpose: To examine the effect of various biologic adjuvants on the polarization of macrophages in an in vitro model for rotator cuff tears.
    Methods: Tissue was harvested from 6 patients undergoing arthroscopic rotator cuff repair. An in vitro model of the supraspinatus and subacromial bursa was created and treated with control, platelet rich plasma (PRP), autologous activated serum (AAS), or a combination of PRP+AAS. The effect of treatment on macrophage polarization between M1 pro-inflammatory macrophages or M2 anti-inflammatory macrophages was measured using gene expression, protein expression, flow cytometry and nitric oxide (NO) production.
    Results: Tendon and bursa treated with PRP, AAS and PRP+AAS significantly decreased the gene expression of M1 markers IL-12 and TNF-a, while significantly increasing the expression of M2 markers Arginase, IL-10 and TGF-b (p<0.05) compared to treatment with control. ELISA analysis of protein production demonstrated that compared to control, co-culture treated with PRP, AAS and PRP+AAS significantly decreased markers of M1-macrophages (IL-6, IL-12, and TNF-a), while significantly increasing the expression of markers of M2-macrophages (Arginase, IL-10, and TGF-b) (p<0.05). Flow cytometry analysis of surface markers demonstrated that compared to control, tendon and bursa treated with PRP, AAS and PRP+AAS significantly decreased markers of M1-macrophages (CD80, CD86, CD64, CD16), while significantly increasing the expression of markers of M2-macrophages (CD163 and CD206) (p<0.05). Treatment of the co-culture with PRP, AAS and PRP+AAS consistently demonstrated a decrease in NO production (p<0.05) compared to control. AAS and PRP+AAS demonstrated an increased macrophage shift to M2 compared to PRP alone, whereas there was not as uniform of a shift when comparing PRP+AAS to AAS alone.
    Conclusions: In an in vitro model of rotator cuff tears, the treatment of supraspinatus tendon and subacromial bursa with PRP, AAS and PRP+AAS demonstrated an increase in markers of anti-inflammatory M2-macrophages and a concomitant decrease in markers of pro-inflammatory M1-macrophages. AAS and PRP+AAS contributed to a large shift to macrophage polarization to the anti-inflammatory M2 compared to PRP.
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2024-05-10
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 632528-2
    ISSN 1526-3231 ; 0749-8063
    ISSN (online) 1526-3231
    ISSN 0749-8063
    DOI 10.1016/j.arthro.2024.04.031
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 2046: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (1.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  7. Artikel ; Online: Complex Total Hip Arthroplasty in a Patient with Klippel-Trénaunay Syndrome: A Case Report.

    Morrison, Todd A / Streufert, Benjamin D / Engel, Corey C / Bernasek, Thomas L / Gill, Meera

    JBJS case connector

    2022  Band 12, Heft 1

    Abstract: Case: Klippel-Trénaunay syndrome (KTS) carries manifestations including skeletal dysplasia and prominent vascular malformations. This report details a case of hip dysplasia in the setting of KTS treated with total hip arthroplasty (THA) requiring ... ...

    Abstract Case: Klippel-Trénaunay syndrome (KTS) carries manifestations including skeletal dysplasia and prominent vascular malformations. This report details a case of hip dysplasia in the setting of KTS treated with total hip arthroplasty (THA) requiring preoperative embolization, intraoperative angiography for placement of an iliac artery occlusive balloon, and modular hip arthroplasty components for femoral and acetabular dysplasia. Perioperatively, the patient rehabilitated well and was walking painlessly and unassisted at 3 and 12 months postoperatively.
    Conclusion: Successful THA for dysplasia and degenerative changes associated with KTS is possible but requires a complex multidisciplinary perioperative approach.
    Mesh-Begriff(e) Arthroplasty, Replacement, Hip ; Hip Dislocation, Congenital/complications ; Humans ; Klippel-Trenaunay-Weber Syndrome/complications ; Klippel-Trenaunay-Weber Syndrome/surgery ; Lower Extremity/surgery ; Vascular Malformations
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-01-12
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Case Reports ; Journal Article
    ISSN 2160-3251
    ISSN (online) 2160-3251
    DOI e20.00488
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  8. Artikel ; Online: MemBrain: A deep learning-aided pipeline for detection of membrane proteins in Cryo-electron tomograms.

    Lamm, Lorenz / Righetto, Ricardo D / Wietrzynski, Wojciech / Pöge, Matthias / Martinez-Sanchez, Antonio / Peng, Tingying / Engel, Benjamin D

    Computer methods and programs in biomedicine

    2022  Band 224, Seite(n) 106990

    Abstract: Background and objective: Cryo-electron tomography (cryo-ET) is an imaging technique that enables 3D visualization of the native cellular environment at sub-nanometer resolution, providing unpreceded insights into the molecular organization of cells. ... ...

    Abstract Background and objective: Cryo-electron tomography (cryo-ET) is an imaging technique that enables 3D visualization of the native cellular environment at sub-nanometer resolution, providing unpreceded insights into the molecular organization of cells. However, cryo-electron tomograms suffer from low signal-to-noise ratios and anisotropic resolution, which makes subsequent image analysis challenging. In particular, the efficient detection of membrane-embedded proteins is a problem still lacking satisfactory solutions.
    Methods: We present MemBrain - a new deep learning-aided pipeline that automatically detects membrane-bound protein complexes in cryo-electron tomograms. After subvolumes are sampled along a segmented membrane, each subvolume is assigned a score using a convolutional neural network (CNN), and protein positions are extracted by a clustering algorithm. Incorporating rotational subvolume normalization and using a tiny receptive field simplify the task of protein detection and thus facilitate the network training.
    Results: MemBrain requires only a small quantity of training labels and achieves excellent performance with only a single annotated membrane (F1 score: 0.88). A detailed evaluation shows that our fully trained pipeline outperforms existing classical computer vision-based and CNN-based approaches by a large margin (F1 score: 0.92 vs. max. 0.63). Furthermore, in addition to protein center positions, MemBrain can determine protein orientations, which has not been implemented by any existing CNN-based method to date. We also show that a pre-trained MemBrain program generalizes to tomograms acquired using different cryo-ET methods and depicting different types of cells.
    Conclusions: MemBrain is a powerful and annotation-efficient tool for the detection of membrane protein complexes in cryo-ET data, with the potential to be used in a wide range of biological studies. It is generalizable to various kinds of tomograms, making it possible to use pretrained models for different tasks. Its efficiency in terms of required annotations also allows rapid training and fine-tuning of models. The corresponding code, pretrained models, and instructions for operating the MemBrain program can be found at: https://github.com/CellArchLab/MemBrain.
    Mesh-Begriff(e) Cryoelectron Microscopy/methods ; Deep Learning ; Electron Microscope Tomography/methods ; Electrons ; Image Processing, Computer-Assisted/methods ; Membrane Proteins
    Chemische Substanzen Membrane Proteins
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-07-01
    Erscheinungsland Ireland
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 632564-6
    ISSN 1872-7565 ; 0169-2607
    ISSN (online) 1872-7565
    ISSN 0169-2607
    DOI 10.1016/j.cmpb.2022.106990
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.B 521: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 2021: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
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  9. Artikel ; Online: The burden of laboratory-confirmed pertussis in low- and middle-income countries since the inception of the Expanded Programme on Immunisation (EPI) in 1974: a systematic review and meta-analysis.

    Muloiwa, Rudzani / Kagina, Benjamin M / Engel, Mark E / Hussey, Gregory D

    BMC medicine

    2020  Band 18, Heft 1, Seite(n) 233

    Abstract: Background: An effective vaccine against Bordetella pertussis was introduced into the Expanded Programme on Immunisation (EPI) by WHO in 1974, leading to a substantial global reduction in pertussis morbidity and mortality. In low- and middle-income ... ...

    Abstract Background: An effective vaccine against Bordetella pertussis was introduced into the Expanded Programme on Immunisation (EPI) by WHO in 1974, leading to a substantial global reduction in pertussis morbidity and mortality. In low- and middle-income countries (LMICs), however, the epidemiology of pertussis remains largely unknown. This impacts negatively on pertussis control strategies in these countries. This study aimed to systematically and comprehensively review published literature on the burden of laboratory-confirmed pertussis in LMICs over the 45 years of EPI.
    Methods: Electronic databases were searched for relevant literature (1974 to December 2018) using common and MeSH terms for pertussis. Studies using PCR, culture or paired serology to confirm Bordetella pertussis and parapertussis in symptomatic individuals were included if they had clearly defined numerators and denominators to determine prevalence and mortality rates.
    Results: Eighty-two studies (49,167 participants) made the inclusion criteria. All six WHO regions were represented with most of the studies published after 2010 and involving mainly upper middle-income countries (n = 63; 77%). PCR was the main diagnostic test after the year 2000. The overall median point prevalence of PCR-confirmed Bordetella pertussis was 11% (interquartile range (IQR), 5-27%), while culture-confirmed was 3% (IQR 1-9%) and paired serology a median of 17% (IQR 3-23%) over the period. On average, culture underestimated prevalence by 85% (RR = 0.15, 95% CI, 0.10-0.22) compared to PCR in the same studies. Risk of pertussis increased with HIV exposure [RR, 1.4 (95% CI, 1.0-2.0)] and infection [RR, 2.4 (95% CI, 1.1-5.1)]. HIV infection and exposure were also related to higher pertussis incidences, higher rates of hospitalisation and pertussis-related deaths. Pertussis mortality and case fatality rates were 0.8% (95% CI, 0.4-1.4%) and 6.5% (95% CI, 4.0-9.5%), respectively. Most deaths occurred in infants less than 6 months of age.
    Conclusions: Despite the widespread use of pertussis vaccines, the prevalence of pertussis remains high in LMIC over the last three decades. There is a need to increase access to PCR-based diagnostic confirmation in order to improve surveillance. Disease control measures in LMICs must take into account the persistent significant infant mortality and increased disease burden associated with HIV infection and exposure.
    Mesh-Begriff(e) Bordetella pertussis/pathogenicity ; Developing Countries ; Female ; History, 20th Century ; Humans ; Immunization Programs/methods ; Male ; Whooping Cough/epidemiology
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-08-28
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Historical Article ; Journal Article ; Meta-Analysis ; Systematic Review
    ISSN 1741-7015
    ISSN (online) 1741-7015
    DOI 10.1186/s12916-020-01699-3
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  10. Artikel ; Online: Membrane-anchored HDCR nanowires drive hydrogen-powered CO

    Dietrich, Helge M / Righetto, Ricardo D / Kumar, Anuj / Wietrzynski, Wojciech / Trischler, Raphael / Schuller, Sandra K / Wagner, Jonathan / Schwarz, Fabian M / Engel, Benjamin D / Müller, Volker / Schuller, Jan M

    Nature

    2022  Band 607, Heft 7920, Seite(n) 823–830

    Abstract: Filamentous enzymes have been found in all domains of life, but the advantage of filamentation is often ... ...

    Abstract Filamentous enzymes have been found in all domains of life, but the advantage of filamentation is often elusive
    Mesh-Begriff(e) Carbon Dioxide/metabolism ; Cell Membrane/enzymology ; Cryoelectron Microscopy ; Enzyme Stability ; Hydrogen/metabolism ; Hydrogenase/chemistry ; Hydrogenase/genetics ; Hydrogenase/metabolism ; Hydrogenase/ultrastructure ; Mutation ; Nanowires ; Protein Multimerization ; Protein Subunits/chemistry ; Protein Subunits/metabolism ; Thermoanaerobacter/cytology ; Thermoanaerobacter/enzymology
    Chemische Substanzen Protein Subunits ; Carbon Dioxide (142M471B3J) ; Hydrogen (7YNJ3PO35Z) ; Hydrogenase (EC 1.12.7.2)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-07-20
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 120714-3
    ISSN 1476-4687 ; 0028-0836
    ISSN (online) 1476-4687
    ISSN 0028-0836
    DOI 10.1038/s41586-022-04971-z
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 26: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (1.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MG 9: Hefte anzeigen
    Zs.MO 244: Hefte anzeigen

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