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  1. Artikel: Improving imputation quality in Samoans through the integration of population-specific sequences into existing reference panels.

    Carlson, Jenna C / Krishnan, Mohanraj / Liu, Shuwei / Anderson, Kevin J / Zhang, Jerry Z / Yapp, Toni-Ann J / Chiyka, Elizabeth A / Dikec, Devin A / Cheng, Hong / Naseri, Take / Reupena, Muagututi'a Sefuiva / Viali, Satupa'itea / Deka, Ranjan / Hawley, Nicola L / McGarvey, Stephen T / Weeks, Daniel E / Minster, Ryan L

    medRxiv : the preprint server for health sciences

    2023  

    Abstract: Genotype imputation is fundamental to association studies, and yet even gold standard panels like TOPMed are limited in the populations for which they yield good imputation. Specifically, Pacific Islanders are poorly represented in extant panels. To ... ...

    Abstract Genotype imputation is fundamental to association studies, and yet even gold standard panels like TOPMed are limited in the populations for which they yield good imputation. Specifically, Pacific Islanders are poorly represented in extant panels. To address this, we constructed an imputation reference panel using 1,285 Samoan individuals with whole-genome sequencing, combined with 1000 Genomes (1000G) samples, to create a reference panel that better represents Pacific Islander, specifically Samoan, genetic variation. We compared this panel to 1000G and TOPMed panels based on imputed variants using genotyping array data for 1,834 Samoan participants who were not part of the panels. The 1000G + 1285 Samoan panel yielded up to 2.25-2.76 times more well-imputed (r
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-10-31
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Preprint
    DOI 10.1101/2023.10.31.23297835
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  2. Artikel ; Online: Radiotherapy is associated with a deletion signature that contributes to poor outcomes in patients with cancer.

    Kocakavuk, Emre / Anderson, Kevin J / Varn, Frederick S / Johnson, Kevin C / Amin, Samirkumar B / Sulman, Erik P / Lolkema, Martijn P / Barthel, Floris P / Verhaak, Roel G W

    Nature genetics

    2021  Band 53, Heft 7, Seite(n) 1088–1096

    Abstract: Ionizing radiation causes DNA damage and is a mainstay for cancer treatment, but understanding of its genomic impact is limited. We analyzed mutational spectra following radiotherapy in 190 paired primary and recurrent gliomas from the Glioma ... ...

    Abstract Ionizing radiation causes DNA damage and is a mainstay for cancer treatment, but understanding of its genomic impact is limited. We analyzed mutational spectra following radiotherapy in 190 paired primary and recurrent gliomas from the Glioma Longitudinal Analysis Consortium and 3,693 post-treatment metastatic tumors from the Hartwig Medical Foundation. We identified radiotherapy-associated significant increases in the burden of small deletions (5-15 bp) and large deletions (20+ bp to chromosome-arm length). Small deletions were characterized by a larger span size, lacking breakpoint microhomology and were genomically more dispersed when compared to pre-existing deletions and deletions in non-irradiated tumors. Mutational signature analysis implicated classical non-homologous end-joining-mediated DNA damage repair and APOBEC mutagenesis following radiotherapy. A high radiation-associated deletion burden was associated with worse clinical outcomes, suggesting that effective repair of radiation-induced DNA damage is detrimental to patient survival. These results may be leveraged to predict sensitivity to radiation therapy in recurrent cancer.
    Mesh-Begriff(e) DNA Damage/radiation effects ; Humans ; Mutagenesis/radiation effects ; Neoplasm Recurrence, Local ; Neoplasms/epidemiology ; Neoplasms/genetics ; Neoplasms/mortality ; Neoplasms/radiotherapy ; Prognosis ; Radiation, Ionizing ; Radiotherapy/adverse effects ; Sequence Deletion/radiation effects
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-05-27
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
    ZDB-ID 1108734-1
    ISSN 1546-1718 ; 1061-4036
    ISSN (online) 1546-1718
    ISSN 1061-4036
    DOI 10.1038/s41588-021-00874-3
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  3. Artikel ; Online: Effect of circulating tumor cell aggregate configuration on hemodynamic transport and wall contact.

    Anderson, Kevin J / de Guillebon, Adelaide / Hughes, Andrew D / Wang, Weiwei / King, Michael R

    Mathematical biosciences

    2017  Band 294, Seite(n) 181–194

    Abstract: Selectin-mediated adhesion of circulating tumor cells (CTCs) to the endothelium is a critical step in cancer metastasis, a major factor contributing to the mortality of cancer. The formation of tethers between tumor cells and endothelial selectins ... ...

    Abstract Selectin-mediated adhesion of circulating tumor cells (CTCs) to the endothelium is a critical step in cancer metastasis, a major factor contributing to the mortality of cancer. The formation of tethers between tumor cells and endothelial selectins initiates cell rolling, which can lead to firm adhesion, extravasation and the formation of secondary metastases. Tumor cells travel through the bloodstream as single cells, or as aggregates known as circulating tumor microemboli (CTM). CTM have increased survivability and metastatic potential relative to CTCs, and the presence of CTM is associated with worse patient prognosis. The motion of cells and cellular aggregates in flow is a function of their size and shape, and these differences influence the frequency and strength of their contact with the endothelium. In this study, a computational model consisting of the hydrodynamic component of the Multiparticle Adhesive Dynamics simulation analyzed the effects of model aggregate conformation and orientation on adhesive binding potential. Model aggregates of the Colo205 colorectal cancer cell line were created, consisting of two, three, and four cells in simple geometrical conformations. Contact time, contact area, and time integral of contact area were measured as a function of fluid shear rate, initial centroid height, and initial orientation for model aggregates that experienced hydrodynamic collisions with the plane wall. It was found that larger CTM conformations with intermediate nonsphericities had the highest adhesion potential. The results of this study shed light on the correlation between environmental conditions and extravasation efficiency, which could inform the development of new anti-metastatic drugs.
    Mesh-Begriff(e) Cell Adhesion ; Cell Aggregation ; Cell Line, Tumor ; Hemodynamics ; Humans ; Models, Biological ; Neoplasm Metastasis ; Neoplastic Cells, Circulating
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2017-10-10
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. ; Research Support, N.I.H., Extramural
    ZDB-ID 1126-5
    ISSN 1879-3134 ; 0025-5564
    ISSN (online) 1879-3134
    ISSN 0025-5564
    DOI 10.1016/j.mbs.2017.10.002
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  4. Artikel ; Online: Molecular and clonal evolution in recurrent metastatic gliosarcoma.

    Anderson, Kevin J / Tan, Aaron C / Parkinson, Jonathon / Back, Michael / Kastelan, Marina / Newey, Allison / Brewer, Janice / Wheeler, Helen / Hudson, Amanda L / Amin, Samirkumar B / Johnson, Kevin C / Barthel, Floris P / Verhaak, Roel G W / Khasraw, Mustafa

    Cold Spring Harbor molecular case studies

    2020  Band 6, Heft 1

    Abstract: We discuss the molecular evolution of gliosarcoma, a mesenchymal type of glioblastoma (GBM), using the case of a 37-yr-old woman who developed two recurrences and an extracranial metastasis. She was initially diagnosed with isocitrate dehydrogenase (IDH) ...

    Abstract We discuss the molecular evolution of gliosarcoma, a mesenchymal type of glioblastoma (GBM), using the case of a 37-yr-old woman who developed two recurrences and an extracranial metastasis. She was initially diagnosed with isocitrate dehydrogenase (IDH) wild-type gliosarcoma in the frontal lobe and treated with surgery followed by concurrent radiotherapy with temozolomide. Five months later the tumor recurred in the left frontal lobe, outside the initially resected area, and was treated with further surgery and radiotherapy. Six months later the patient developed a second left frontal recurrence and was again treated with surgery and radiotherapy. Six weeks later, further recurrence was observed in the brain and bone, and biopsy confirmed metastases in the pelvic bones. To understand the clonal relationships between the four tumor instances and the origin of metastasis, we performed whole-genome sequencing of the intracranial tumors and the tumor located in the right iliac bone. We compared their mutational and copy-number profiles and inferred the clonal phylogeny. The tumors harbored shared alterations in GBM driver genes, including mutations in
    Mesh-Begriff(e) Adult ; Alleles ; Biomarkers, Tumor ; Biopsy ; Cell Transformation, Neoplastic/genetics ; Clonal Evolution/genetics ; Combined Modality Therapy ; DNA Copy Number Variations ; Female ; Gliosarcoma/etiology ; Gliosarcoma/pathology ; Gliosarcoma/therapy ; Humans ; Immunohistochemistry ; Multimodal Imaging/methods ; Mutation ; Neoplasm Metastasis ; Neoplasm Staging ; Recurrence
    Chemische Substanzen Biomarkers, Tumor
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-02-03
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Case Reports ; Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 2835759-0
    ISSN 2373-2873 ; 2373-2873
    ISSN (online) 2373-2873
    ISSN 2373-2873
    DOI 10.1101/mcs.a004671
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  5. Buch ; Online: Aviation and climate change

    Bows, Alice / Anderson, Kevin J / Upham, Paul

    lessons for European policy

    (Routledge studies in physical geography and environment ; 8)

    2009  

    Abstract: An examination of European policy toward climate change, specifically focusing on its ramifications for the aviation industry. Accessible to students, academics and practitioners, this book is useful reading for all those with an interest in climate ... ...

    Körperschaft ebrary, Inc
    Verfasserangabe Alice Bows; with Kevin Anderson and Paul Upham
    Serientitel Routledge studies in physical geography and environment ; 8
    Abstract An examination of European policy toward climate change, specifically focusing on its ramifications for the aviation industry. Accessible to students, academics and practitioners, this book is useful reading for all those with an interest in climate change, the aviation industry, or both
    Schlagwörter Aeronautics/Energy conservation ; Aeronautics/Environmental aspects ; Aircraft exhaust emissions/Environmental aspects ; Aircraft exhaust emissions ; Climatic changes ; Environmental policy
    Sprache Englisch
    Umfang Online-Ressource (xii, 146 p), ill
    Verlag Routledge
    Erscheinungsort New York
    Dokumenttyp Buch ; Online
    Anmerkung Includes bibliographical references (p. [135]-139) and index
    ISBN 0415397057 ; 9780415397056
    Datenquelle Katalog der Technische Informationsbibliothek Hannover

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  6. Buch: Ruinen

    Anderson, Kevin J

    Roman ; nach einer Idee von Chris Carter

    (Akte X ; : die unheimlichen Fälle des FBI[...])

    1999  

    Verfasserangabe Kevin J. Anderson. Dt. von Christian Rendel
    Serientitel Akte X
    : die unheimlichen Fälle des FBI[...]
    Sprache Deutsch
    Umfang 331 S, 19 cm
    Verlag Rowohlt-Taschenbuch-Verl
    Erscheinungsort Reinbek bei Hamburg
    Dokumenttyp Buch
    ISBN 3499262045 ; 9783499262043
    Datenquelle Ehemaliges Sondersammelgebiet Küsten- und Hochseefischerei

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  7. Buch: Antikörper

    Anderson, Kevin J

    Roman ; nach einer Idee von Chris Carter

    (Akte X ; : die unheimlichen Fälle des FBI[...])

    1999  

    Verfasserangabe Kevin J. Anderson. Dt. von Thomas Ziegler
    Serientitel Akte X
    : die unheimlichen Fälle des FBI[...]
    Sprache Deutsch
    Umfang 303 S, 19 cm
    Verlag Rowohlt-Taschenbuch-Verl
    Erscheinungsort Reinbek bei Hamburg
    Dokumenttyp Buch
    ISBN 3499262053 ; 9783499262050
    Datenquelle Ehemaliges Sondersammelgebiet Küsten- und Hochseefischerei

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  8. Buch: Im Höllenfeuer

    Anderson, Kevin J

    Roman ; nach einer Idee von Chris Carter

    (Akte X ; : die unheimlichen Fälle des FBI[...])

    1999  

    Verfasserangabe Kevin J. Anderson
    Serientitel Akte X
    : die unheimlichen Fälle des FBI[...]
    Sprache Deutsch
    Umfang 313 S, 19 cm
    Verlag Rowohlt-Taschenbuch-Verl
    Erscheinungsort Reinbek bei Hamburg
    Dokumenttyp Buch
    ISBN 3499262037 ; 9783499262036
    Datenquelle Ehemaliges Sondersammelgebiet Küsten- und Hochseefischerei

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  9. Artikel ; Online: Single-cell multimodal glioma analyses identify epigenetic regulators of cellular plasticity and environmental stress response.

    Johnson, Kevin C / Anderson, Kevin J / Courtois, Elise T / Gujar, Amit D / Barthel, Floris P / Varn, Frederick S / Luo, Diane / Seignon, Martine / Yi, Eunhee / Kim, Hoon / Estecio, Marcos R H / Zhao, Dacheng / Tang, Ming / Navin, Nicholas E / Maurya, Rahul / Ngan, Chew Yee / Verburg, Niels / de Witt Hamer, Philip C / Bulsara, Ketan /
    Samuels, Michael L / Das, Sunit / Robson, Paul / Verhaak, Roel G W

    Nature genetics

    2021  Band 53, Heft 10, Seite(n) 1456–1468

    Abstract: Glioma intratumoral heterogeneity enables adaptation to challenging microenvironments and contributes to therapeutic resistance. We integrated 914 single-cell DNA methylomes, 55,284 single-cell transcriptomes and bulk multi-omic profiles across 11 adult ... ...

    Abstract Glioma intratumoral heterogeneity enables adaptation to challenging microenvironments and contributes to therapeutic resistance. We integrated 914 single-cell DNA methylomes, 55,284 single-cell transcriptomes and bulk multi-omic profiles across 11 adult IDH mutant or IDH wild-type gliomas to delineate sources of intratumoral heterogeneity. We showed that local DNA methylation disorder is associated with cell-cell DNA methylation differences, is elevated in more aggressive tumors, links with transcriptional disruption and is altered during the environmental stress response. Glioma cells under in vitro hypoxic and irradiation stress increased local DNA methylation disorder and shifted cell states. We identified a positive association between genetic and epigenetic instability that was supported in bulk longitudinally collected DNA methylation data. Increased DNA methylation disorder associated with accelerated disease progression and recurrently selected DNA methylation changes were enriched for environmental stress response pathways. Our work identified an epigenetically facilitated adaptive stress response process and highlights the importance of epigenetic heterogeneity in shaping therapeutic outcomes.
    Mesh-Begriff(e) Brain Neoplasms/genetics ; Cell Plasticity/genetics ; Clonal Evolution ; DNA Copy Number Variations/genetics ; DNA Methylation/genetics ; Epigenesis, Genetic ; Gene Expression Regulation, Neoplastic ; Genetic Heterogeneity ; Genome, Human ; Glioma/genetics ; Humans ; Mutation/genetics ; Phylogeny ; Promoter Regions, Genetic/genetics ; Single-Cell Analysis ; Stress, Physiological/genetics ; Tumor Microenvironment/genetics
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-09-30
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
    ZDB-ID 1108734-1
    ISSN 1546-1718 ; 1061-4036
    ISSN (online) 1546-1718
    ISSN 1061-4036
    DOI 10.1038/s41588-021-00926-8
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Zs.A 3613: Hefte anzeigen Standort:
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  10. Artikel ; Online: Spatial concordance of DNA methylation classification in diffuse glioma.

    Verburg, Niels / Barthel, Floris P / Anderson, Kevin J / Johnson, Kevin C / Koopman, Thomas / Yaqub, Maqsood M / Hoekstra, Otto S / Lammertsma, Adriaan A / Barkhof, Frederik / Pouwels, Petra J W / Reijneveld, Jaap C / Rozemuller, Annemieke J M / Beliën, Jeroen A M / Boellaard, Ronald / Taylor, Michael D / Das, Sunit / Costello, Joseph F / Vandertop, William Peter / Wesseling, Pieter /
    de Witt Hamer, Philip C / Verhaak, Roel G W

    Neuro-oncology

    2021  Band 23, Heft 12, Seite(n) 2054–2065

    Abstract: Background: Intratumoral heterogeneity is a hallmark of diffuse gliomas. DNA methylation profiling is an emerging approach in the clinical classification of brain tumors. The goal of this study is to investigate the effects of intratumoral heterogeneity ...

    Abstract Background: Intratumoral heterogeneity is a hallmark of diffuse gliomas. DNA methylation profiling is an emerging approach in the clinical classification of brain tumors. The goal of this study is to investigate the effects of intratumoral heterogeneity on classification confidence.
    Methods: We used neuronavigation to acquire 133 image-guided and spatially separated stereotactic biopsy samples from 16 adult patients with a diffuse glioma (7 IDH-wildtype and 2 IDH-mutant glioblastoma, 6 diffuse astrocytoma, IDH-mutant and 1 oligodendroglioma, IDH-mutant and 1p19q codeleted), which we characterized using DNA methylation arrays. Samples were obtained from regions with and without abnormalities on contrast-enhanced T1-weighted and fluid-attenuated inversion recovery MRI. Methylation profiles were analyzed to devise a 3-dimensional reconstruction of (epi)genetic heterogeneity. Tumor purity was assessed from clonal methylation sites.
    Results: Molecular aberrations indicated that tumor was found outside imaging abnormalities, underlining the infiltrative nature of this tumor and the limitations of current routine imaging modalities. We demonstrate that tumor purity is highly variable between samples and explains a substantial part of apparent epigenetic spatial heterogeneity. We observed that DNA methylation subtypes are often, but not always, conserved in space taking tumor purity and prediction accuracy into account.
    Conclusion: Our results underscore the infiltrative nature of diffuse gliomas and suggest that DNA methylation subtypes are relatively concordant in this tumor type, although some heterogeneity exists.
    Mesh-Begriff(e) Adult ; Brain Neoplasms/diagnostic imaging ; Brain Neoplasms/genetics ; DNA Methylation ; Glioma/diagnostic imaging ; Glioma/genetics ; Humans ; Isocitrate Dehydrogenase/genetics ; Mutation ; Oligodendroglioma
    Chemische Substanzen Isocitrate Dehydrogenase (EC 1.1.1.41)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-05-28
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, N.I.H., Extramural ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
    ZDB-ID 2028601-6
    ISSN 1523-5866 ; 1522-8517
    ISSN (online) 1523-5866
    ISSN 1522-8517
    DOI 10.1093/neuonc/noab134
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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