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  1. Artikel ; Online: DNA Methylation Clocks and Their Predictive Capacity for Aging Phenotypes and Healthspan.

    Bergsma, Tessa / Rogaeva, Ekaterina

    Neuroscience insights

    2020  Band 15, Seite(n) 2633105520942221

    Abstract: The number of age predictors based on DNA methylation (DNAm) profile is rising due to their potential in predicting healthspan and application in age-related illnesses, such as neurodegenerative diseases. The cumulative assessment of DNAm levels at age- ... ...

    Abstract The number of age predictors based on DNA methylation (DNAm) profile is rising due to their potential in predicting healthspan and application in age-related illnesses, such as neurodegenerative diseases. The cumulative assessment of DNAm levels at age-related CpGs (DNAm clock) may reflect biological aging. Such DNAm clocks have been developed using various training models and could mirror different aspects of disease/aging mechanisms. Hence, evaluating several DNAm clocks together may be the most effective strategy in capturing the complexity of the aging process. However, various confounders may influence the outcome of these age predictors, including genetic and environmental factors, as well as technical differences in the selected DNAm arrays. These factors should be taken into consideration when interpreting DNAm clock predictions. In the current review, we discuss 15 reported DNAm clocks with consideration for their utility in investigating neurodegenerative diseases and suggest research directions towards developing a more optimal measure for biological aging.
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-07-21
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Review
    ISSN 2633-1055
    ISSN (online) 2633-1055
    DOI 10.1177/2633105520942221
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Zusatzmaterialien

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  2. Artikel ; Online: The chaperone DNAJB6 surveils FG-nucleoporins and is required for interphase nuclear pore complex biogenesis.

    Kuiper, E F Elsiena / Gallardo, Paola / Bergsma, Tessa / Mari, Muriel / Kolbe Musskopf, Maiara / Kuipers, Jeroen / Giepmans, Ben N G / Steen, Anton / Kampinga, Harm H / Veenhoff, Liesbeth M / Bergink, Steven

    Nature cell biology

    2022  Band 24, Heft 11, Seite(n) 1584–1594

    Abstract: Biogenesis of nuclear pore complexes (NPCs) includes the formation of the permeability barrier composed of phenylalanine-glycine-rich nucleoporins (FG-Nups) that regulate the selective passage of biomolecules across the nuclear envelope. The FG-Nups are ... ...

    Abstract Biogenesis of nuclear pore complexes (NPCs) includes the formation of the permeability barrier composed of phenylalanine-glycine-rich nucleoporins (FG-Nups) that regulate the selective passage of biomolecules across the nuclear envelope. The FG-Nups are intrinsically disordered and prone to liquid-liquid phase separation and aggregation when isolated. How FG-Nups are protected from making inappropriate interactions during NPC biogenesis is not fully understood. Here we find that DNAJB6, a molecular chaperone of the heat shock protein network, forms foci in close proximity to NPCs. The number of these foci decreases upon removal of proteins involved in the early steps of interphase NPC biogenesis. Conversely, when this process is stalled in the last steps, the number of DNAJB6-containing foci increases and these foci are identified as herniations at the nuclear envelope. Immunoelectron tomography shows that DNAJB6 localizes inside the lumen of the herniations arising at NPC biogenesis intermediates. Loss of DNAJB6 results in the accumulation of cytosolic annulate lamellae, which are structures containing partly assembled NPCs, a feature associated with disturbances in NPC biogenesis. We find that DNAJB6 binds to FG-Nups and can prevent the aggregation of the FG region of several FG-Nups in cells and in vitro. Together, our data show that the molecular chaperone DNAJB6 provides quality control during NPC biogenesis and is involved in the surveillance of native intrinsically disordered FG-Nups.
    Mesh-Begriff(e) Nuclear Pore Complex Proteins/genetics ; Nuclear Pore/genetics ; Nuclear Pore/metabolism ; Active Transport, Cell Nucleus/physiology ; Molecular Chaperones/genetics ; Molecular Chaperones/metabolism ; Interphase
    Chemische Substanzen Nuclear Pore Complex Proteins ; Molecular Chaperones
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-10-27
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 1474722-4
    ISSN 1476-4679 ; 1465-7392
    ISSN (online) 1476-4679
    ISSN 1465-7392
    DOI 10.1038/s41556-022-01010-x
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Zusatzmaterialien

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 5169: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MG 12: Hefte anzeigen

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  3. Artikel: Xanthomonas citri

    Lorenzoni, André S G / Dantas, Giordanni C / Bergsma, Tessa / Ferreira, Henrique / Scheffers, Dirk-Jan

    Frontiers in microbiology

    2017  Band 8, Seite(n) 1352

    Abstract: Xanthomonas ... ...

    Abstract Xanthomonas citri
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2017-07-19
    Erscheinungsland Switzerland
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2587354-4
    ISSN 1664-302X
    ISSN 1664-302X
    DOI 10.3389/fmicb.2017.01352
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  4. Artikel ; Online: DNA methylation age acceleration is associated with ALS age of onset and survival.

    Zhang, Ming / McKeever, Paul M / Xi, Zhengrui / Moreno, Danielle / Sato, Christine / Bergsma, Tessa / McGoldrick, Philip / Keith, Julia / Robertson, Janice / Zinman, Lorne / Rogaeva, Ekaterina

    Acta neuropathologica

    2020  Band 139, Heft 5, Seite(n) 943–946

    Mesh-Begriff(e) Adolescent ; Adult ; Aged ; Aged, 80 and over ; Female ; Humans ; Male ; Middle Aged ; Young Adult ; Age Factors ; Age of Onset ; Amyotrophic Lateral Sclerosis/metabolism ; Amyotrophic Lateral Sclerosis/mortality ; Amyotrophic Lateral Sclerosis/pathology ; DNA Methylation/physiology ; Epigenesis, Genetic/physiology
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-03-07
    Erscheinungsland Germany
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 1079-0
    ISSN 1432-0533 ; 0001-6322
    ISSN (online) 1432-0533
    ISSN 0001-6322
    DOI 10.1007/s00401-020-02131-z
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Volltext online

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Ui II Zs.188: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 2021: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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