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  1. Artikel ; Online: Chromosome conformation capture.

    Cope, Nathan F / Fraser, Peter

    Cold Spring Harbor protocols

    2010  Band 2009, Heft 2, Seite(n) pdb.prot5137

    Mesh-Begriff(e) Animals ; Chromosomes, Mammalian/genetics ; DNA/chemistry ; DNA/genetics ; DNA/metabolism ; Deoxyribonuclease HindIII/metabolism ; Formaldehyde ; Mice ; Models, Molecular ; Nucleic Acid Conformation ; Polymerase Chain Reaction/methods
    Chemische Substanzen Formaldehyde (1HG84L3525) ; DNA (9007-49-2) ; Deoxyribonuclease HindIII (EC 3.1.21.-)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2010-02-10
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article
    ISSN 1559-6095
    ISSN (online) 1559-6095
    DOI 10.1101/pdb.prot5137
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  2. Artikel: The yin and yang of chromatin spatial organization

    Cope, Nathan F / Christopher H Eskiw / Peter Fraser

    Genome biology. 2010 Mar., v. 11, no. 3

    2010  

    Abstract: Spatial organization of the genome is non-random. Preferential chromatin interactions, both in cis and in trans and between transcriptionally active and silent regions, influence organization. ...

    Abstract Spatial organization of the genome is non-random. Preferential chromatin interactions, both in cis and in trans and between transcriptionally active and silent regions, influence organization.
    Schlagwörter chromatin ; genome ; transcription (genetics)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsverlauf 2010-03
    Umfang p. 2407.
    Erscheinungsort Springer-Verlag
    Dokumenttyp Artikel
    ZDB-ID 2040529-7
    ISSN 1474-760X ; 1465-6914 ; 1465-6906
    ISSN (online) 1474-760X ; 1465-6914
    ISSN 1465-6906
    DOI 10.1186/gb-2010-11-3-204
    Datenquelle NAL Katalog (AGRICOLA)

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  3. Artikel ; Online: The yin and yang of chromatin spatial organization.

    Cope, Nathan F / Fraser, Peter / Eskiw, Christopher H

    Genome biology

    2010  Band 11, Heft 3, Seite(n) 204

    Abstract: Spatial organization of the genome is non-random. Preferential chromatin interactions, both in cis and in trans and between transcriptionally active and silent regions, influence organization. ...

    Abstract Spatial organization of the genome is non-random. Preferential chromatin interactions, both in cis and in trans and between transcriptionally active and silent regions, influence organization.
    Mesh-Begriff(e) Chromatin/genetics ; Chromatin/metabolism ; Chromatin Assembly and Disassembly ; Gene Expression Regulation/genetics ; Genome/genetics ; Nucleic Acid Conformation ; Transcription Factors/metabolism ; Transcription, Genetic
    Chemische Substanzen Chromatin ; Transcription Factors
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2010-03-29
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Review
    ZDB-ID 2040529-7
    ISSN 1474-760X ; 1474-760X
    ISSN (online) 1474-760X
    ISSN 1474-760X
    DOI 10.1186/gb-2010-11-3-204
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  4. Artikel ; Online: Preferential associations between co-regulated genes reveal a transcriptional interactome in erythroid cells.

    Schoenfelder, Stefan / Sexton, Tom / Chakalova, Lyubomira / Cope, Nathan F / Horton, Alice / Andrews, Simon / Kurukuti, Sreenivasulu / Mitchell, Jennifer A / Umlauf, David / Dimitrova, Daniela S / Eskiw, Christopher H / Luo, Yanquan / Wei, Chia-Lin / Ruan, Yijun / Bieker, James J / Fraser, Peter

    Nature genetics

    2009  Band 42, Heft 1, Seite(n) 53–61

    Abstract: The discovery of interchromosomal interactions in higher eukaryotes points to a functional interplay between genome architecture and gene expression, challenging the view of transcription as a one-dimensional process. However, the extent of ... ...

    Abstract The discovery of interchromosomal interactions in higher eukaryotes points to a functional interplay between genome architecture and gene expression, challenging the view of transcription as a one-dimensional process. However, the extent of interchromosomal interactions and the underlying mechanisms are unknown. Here we present the first genome-wide analysis of transcriptional interactions using the mouse globin genes in erythroid tissues. Our results show that the active globin genes associate with hundreds of other transcribed genes, revealing extensive and preferential intra- and interchromosomal transcription interactomes. We show that the transcription factor Klf1 mediates preferential co-associations of Klf1-regulated genes at a limited number of specialized transcription factories. Our results establish a new gene expression paradigm, implying that active co-regulated genes and their regulatory factors cooperate to create specialized nuclear hot spots optimized for efficient and coordinated transcriptional control.
    Mesh-Begriff(e) Animals ; Chromatin Immunoprecipitation ; Erythroid Cells/cytology ; Erythroid Cells/metabolism ; Fluorescent Antibody Technique ; Gene Expression Profiling ; Gene Regulatory Networks/genetics ; Genome-Wide Association Study/methods ; Globins/genetics ; Globins/metabolism ; Humans ; In Situ Hybridization, Fluorescence/methods ; Kruppel-Like Transcription Factors/genetics ; Kruppel-Like Transcription Factors/metabolism ; Mice ; Mice, Knockout ; Mice, Transgenic ; Models, Biological ; Oligonucleotide Array Sequence Analysis/methods ; Protein Binding
    Chemische Substanzen Kruppel-Like Transcription Factors ; erythroid Kruppel-like factor ; Globins (9004-22-2)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2009-12-13
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 1108734-1
    ISSN 1546-1718 ; 1061-4036
    ISSN (online) 1546-1718
    ISSN 1061-4036
    DOI 10.1038/ng.496
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 3613: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MG 46: Hefte anzeigen

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  5. Artikel ; Online: Long-range DNA looping and gene expression analyses identify DEXI as an autoimmune disease candidate gene.

    Davison, Lucy J / Wallace, Chris / Cooper, Jason D / Cope, Nathan F / Wilson, Nicola K / Smyth, Deborah J / Howson, Joanna M M / Saleh, Nada / Al-Jeffery, Abdullah / Angus, Karen L / Stevens, Helen E / Nutland, Sarah / Duley, Simon / Coulson, Richard M R / Walker, Neil M / Burren, Oliver S / Rice, Catherine M / Cambien, Francois / Zeller, Tanja /
    Munzel, Thomas / Lackner, Karl / Blakenberg, Stefan / Fraser, Peter / Gottgens, Berthold / Todd, John A / Attwood, Tony / Belz, Stephanie / Braund, Peter / Cambien, François / Cooper, Jason / Crisp-Hihn, Abi / Diemert, Patrick / Deloukas, Panos / Foad, Nicola / Erdmann, Jeanette / Goodall, Alison H / Gracey, Jay / Gray, Emma / Williams, Rhian G / Heimerl, Susanne / Hengstenberg, Christian / Jolley, Jennifer / Krishnan, Unni / Lloyd-Jones, Heather / Lugauer, Ingrid / Lundmark, Per / Maouche, Seraya / Moore, Jasbir S / Muir, David / Murray, Elizabeth / Nelson, Chris P / Neudert, Jessica / Niblett, David / O'Leary, Karen / Ouwehand, Willem H / Pollard, Helen / Rankin, Angela / Sager, Hendrik / Samani, Nilesh J / Sambrook, Jennifer / Schmitz, Gerd / Scholz, Michael / Schroeder, Laura / Schunkert, Heribert / Syvannen, Ann-Christine / Tennstedt, Stefanie

    Human molecular genetics

    2011  Band 21, Heft 2, Seite(n) 322–333

    Abstract: The chromosome 16p13 region has been associated with several autoimmune diseases, including type 1 diabetes (T1D) and multiple sclerosis (MS). CLEC16A has been reported as the most likely candidate gene in the region, since it contains the most disease- ... ...

    Abstract The chromosome 16p13 region has been associated with several autoimmune diseases, including type 1 diabetes (T1D) and multiple sclerosis (MS). CLEC16A has been reported as the most likely candidate gene in the region, since it contains the most disease-associated single-nucleotide polymorphisms (SNPs), as well as an imunoreceptor tyrosine-based activation motif. However, here we report that intron 19 of CLEC16A, containing the most autoimmune disease-associated SNPs, appears to behave as a regulatory sequence, affecting the expression of a neighbouring gene, DEXI. The CLEC16A alleles that are protective from T1D and MS are associated with increased expression of DEXI, and no other genes in the region, in two independent monocyte gene expression data sets. Critically, using chromosome conformation capture (3C), we identified physical proximity between the DEXI promoter region and intron 19 of CLEC16A, separated by a loop of >150 kb. In reciprocal experiments, a 20 kb fragment of intron 19 of CLEC16A, containing SNPs associated with T1D and MS, as well as with DEXI expression, interacted with the promotor region of DEXI but not with candidate DNA fragments containing other potential causal genes in the region, including CLEC16A. Intron 19 of CLEC16A is highly enriched for transcription-factor-binding events and markers associated with enhancer activity. Taken together, these data indicate that although the causal variants in the 16p13 region lie within CLEC16A, DEXI is an unappreciated autoimmune disease candidate gene, and illustrate the power of the 3C approach in progressing from genome-wide association studies results to candidate causal genes.
    Mesh-Begriff(e) Autoimmune Diseases/genetics ; Chromosomes, Human, Pair 16 ; DNA/genetics ; DNA-Binding Proteins/genetics ; Humans ; Membrane Proteins/genetics ; Monocytes/metabolism ; Polymerase Chain Reaction ; Polymorphism, Single Nucleotide ; Quantitative Trait Loci
    Chemische Substanzen DEXI protein, human ; DNA-Binding Proteins ; Membrane Proteins ; DNA (9007-49-2)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2011-10-11
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 1108742-0
    ISSN 1460-2083 ; 0964-6906
    ISSN (online) 1460-2083
    ISSN 0964-6906
    DOI 10.1093/hmg/ddr468
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    Zs.A 3469: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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