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Article ; Online: Secuenciación del SARS-CoV-2

Diego A. Álvarez-Díaz / Katherine Laiton-Donato / Carlos Franco-Muñoz / Marcela Mercado-Reyes

Biomédica: revista del Instituto Nacional de Salud, Vol 40, Iss Supl. 2, Pp 188-

la iniciativa tecnológica para fortalecer los sistemas de alerta temprana ante emergencias de salud pública en Latinoamérica y el Caribe

2020 Volume 197

Abstract: La pandemia de COVID-19 causada por el SARS-CoV-2 es un problema de salud pública sin precedentes en los últimos 100 años, así como la respuesta centrada en la caracterización genómica del SARS-CoV-2 prácticamente en todas las regiones del planeta. Esta ... ...

Abstract	La pandemia de COVID-19 causada por el SARS-CoV-2 es un problema de salud pública sin precedentes en los últimos 100 años, así como la respuesta centrada en la caracterización genómica del SARS-CoV-2 prácticamente en todas las regiones del planeta. Esta pandemia surgió durante la era de la epidemiología genómica impulsada por los continuos avances en la secuenciación de próxima generación. Desde su reciente aparición, la epidemiología genómica permitió la identificación precisa de nuevos linajes o especies de agentes patógenos y la reconstrucción de su variabilidad genética en tiempo real, lo que se hizo evidente en los brotes de influenza H1N1, MERS y SARS. Sin embargo, la escala global y descontrolada de esta pandemia ha generado una situación que obligó a utilizar de forma masiva herramientas de la epidemiología genómica como la rápida identificación del SARS-CoV-2 y el registro de nuevos linajes y su vigilancia activa en todo el mundo. Antes de la pandemia de COVID-19 la disponibilidad e datos genómicos de agentes patógenos circulantes en varios países de Latinoamérica y el Caribe era escasa o nula. Con la llegada del SARS-CoV-2 dicha situación cambió significativamente, aunque la cantidad de información disponible sigue siendo escasa y, en países como Colombia, Brasil, Argentina y Chile, la información genómica del SARS-CoV-2 provino principalmente de grupos de investigación en epidemiología genómica más que como producto de una política o programa de vigilancia en salud pública.
Keywords	infecciones por coronavirus ; síndrome respiratorio agudo grave ; virus del sras ; secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento ; vigilancia epidemiológica ; políticas en salud pública ; Medicine ; R ; Arctic medicine. Tropical medicine ; RC955-962
Language	English
Publishing date	2020-10-01T00:00:00Z
Publisher	Instituto Nacional de Salud
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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Article ; Online: COVID-19 Infection Detection and Prevention by SARS-CoV-2 Active Antigens

José Manuel Lozano / Luz Mary Salazar / Ángela Torres / Adriana Arévalo-Jamaica / Carlos Franco-Muñoz / Marcela Mercado-Reyes / Fabio Ancizar Aristizabal

Vaccines, Vol 8, Iss 692, p

A Synthetic Vaccine Approach

2020 Volume 692

Abstract: COVID-19, a global pandemic causing to date more than 50 million cases and more than a million deaths, has to be controlled. SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) was identified as the causative agent. Controversy about this virus ... ...

Abstract	COVID-19, a global pandemic causing to date more than 50 million cases and more than a million deaths, has to be controlled. SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) was identified as the causative agent. Controversy about this virus origin and infectious mechanism for adapting to humans remains a matter for discussion. Among all strategies for obtaining safe and potent vaccines, approaches based on attenuated-killed virus and non-replicating RNA viral vectors are demonstrating promising results. However, specificity of viral components targeted by human antibodies so far has not been demonstrated. A consistent strategy for obtaining functional-active antigens from SARS-CoV-2 specific ligands lead us to propose and test a number of synthetic components. From hundreds of starting sequences only fifteen fulfilled the design requirements and were produced as monomer and polymer forms and immuno-chemically tested. The design was based on worldwide representative reported virus genomes. A bioinformatics scheme by conventional methods and knowledge on MHC-I and II antigen processing mechanisms and HLA haplotype-restriction was performed including sensitive and resistant human populations to virus infection. Covid-19 patients’ sera reactivity for synthetic SARS-CoV-2-designed components have proven a high recognition of specific molecules, as well as some evidence for a long-lasting humoral immune response.
Keywords	SARS-CoV-2 ; COVID-19 ; antigen design ; synthetic-vaccine candidate ; Medicine ; R
Language	English
Publishing date	2020-11-01T00:00:00Z
Publisher	MDPI AG
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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Article ; Online: Tasa de reinfección por Helicobacter pylori en una cohorte de pacientes colombianos tratados exitosamente con seguimiento superior a 2 años

William Otero Regino / Alba Alicia Trespalacios Rangel / Marcela Mercado Reyes

Revista Colombiana de Gastroenterología, Vol 30, Iss 1, Pp 53-

2015 Volume 59

Abstract: El Helicobacter pylori (H. pylori) infecta por lo menos a la mitad de la población mundial, aunque la prevalencia es más alta en países subdesarrollados. La tasa de reinfección es variable en las diferentes regiones y puede incluir recrudescencia de la ... ...

Abstract	El Helicobacter pylori (H. pylori) infecta por lo menos a la mitad de la población mundial, aunque la prevalencia es más alta en países subdesarrollados. La tasa de reinfección es variable en las diferentes regiones y puede incluir recrudescencia de la infección o verdadera recurrencia. Hasta el momento hay pocos estudios en Colombia que hayan investigado la recurrencia de la infección y ninguno se ha realizado en Bogotá, Colombia. Objetivo: determinar la tasa de recurrencia de H. pylori en pacientes tratados eficazmente con 3 terapias triples diferentes. Materiales y métodos: estudio observacional analítico anidado en una cohorte de 180 pacientes a la que se le erradicó exitosamente H. pylori durante 2008-2009. La erradicación se verificó con test respiratorio con urea marcada y el tiempo promedio de seguimiento fue 43,7 meses (rango 31-56 meses). La recurrencia se investigó con la prueba de antígenos fecales monoclonales ImmunoCard STAT® HpSA (Meridian Bioscience Inc.). Resultados: se siguieron 86 pacientes y el porcentaje total de reinfección por H. pylori fue de 5,8% (5/86) y la tasa anual de reinfección fue de 1,59% (5/313,4 pacientes año x 100). El primer caso de reinfección se presentó a los 32 meses y los demás ocurrieron a los 37, 42, 44 y 56 meses de seguimiento. La tasa de reinfección calculada fue 1,8%/año después de 2 años de seguimiento. Conclusiones: la tasa de reinfección de H. pylori en Bogotá es baja e inferior a la previamente informada para otras regiones de Colombia.
Keywords	Reinfección ; Helicobacter ; recrudescencia ; Diseases of the digestive system. Gastroenterology ; RC799-869 ; Specialties of internal medicine ; RC581-951 ; Internal medicine ; RC31-1245 ; Medicine ; R
Language	Spanish
Publishing date	2015-01-01T00:00:00Z
Publisher	Asociación Colombiana de Gastroenterología
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Aislamiento y caracterización de una cepa temprana de SARS-CoV-2 durante la epidemia de 2020 en Medellín, Colombia

Francisco J. Díaz / Wbeimar Aguilar-Jiménez / Lizdany Flórez-Álvarez / Gladys Valencia / Katherine Laiton-Donato / Carlos Franco-Muñoz / Diego Álvarez-Díaz / Marcela Mercado-Reyes / María Teresa Rugeles

Biomédica: revista del Instituto Nacional de Salud, Vol 40, Iss Supl. 2, Pp 148-

2020 Volume 158

Abstract: Introducción. El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identificó como SARS-CoV-2. La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organización Mundial de la Salud (OMS). ...

Abstract	Introducción. El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identificó como SARS-CoV-2. La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organización Mundial de la Salud (OMS). El primer caso de COVID-19 en Colombia se reportó el 6 de marzo de 2020; en este estudio se caracterizó un aislamiento temprano del virus SARS-CoV-2 de una muestra ecolectada en abril de 2020. Objetivos. Describir y caracterizar una cepa temprana a partir de un aislamiento de SARSCoV-2 durante la pandemia en Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvo una muestra de un paciente con COVID-19 confirmada por qRT-PCR; la muestra fue inoculada en diferentes líneas celulares hasta la aparición del efecto citopático. Para confirmar la presencia de SARS-CoV-2 en el cultivo, se utilizó la qRT-PCR a partir de los sobrenadantes, la inmunofluorescencia indirecta (IFI) en células Vero-E6, así como microscopía electrónica y secuenciación de nueva generación (nextgeneration sequencing). Resultados. Se confirmó el aislamiento de SARS-CoV-2 en células Vero-E6 por la aparición del efecto citopático tres días después de la infección, así como mediante la qRT-PCR y la IFI positiva con suero de paciente convaleciente positivo para SARS-CoV-2. Además, en las imágenes de microscopía electrónica de trasmisión y de barrido de células infectadas se observaron estructuras compatibles con viriones de SARS-CoV-2. Por último, se obtuvo la secuencia completa del genoma, lo que permitió clasificar el aislamiento como linaje B.1.5. Conclusiones. La evidencia presentada en este artículo permite confirmar el primer aislamiento de SARS-CoV-2 en Colombia. Además, muestra que esta cepa se comporta en cultivo celular de manera similar a lo reportado en la literatura para otros aislamientos y que su composición genética está acorde con la variante predominante en el mundo. Finalmente, se resalta la importancia que tiene el aislamiento viral para la detección de anticuerpos, para la caracterización ...
Keywords	infecciones por coronavirus ; síndrome respiratorio agudo grave ; virus del sars ; secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento ; microscopia electrónica ; técnica indirecta del anticuerpo fluorescente ; Medicine ; R ; Arctic medicine. Tropical medicine ; RC955-962
Language	English
Publishing date	2020-10-01T00:00:00Z
Publisher	Instituto Nacional de Salud
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Concordance between otic cytology and culture in diagnosis of external otitis canine by Malassezia spp

Adriana Pulido-Villamarín / Rubiela Castañeda-Salazar / Melva Linares-Linares / Marcela Mercado-Reyes

Revista Mvz Cordoba, Vol 20, Iss 3, Pp 4720-

2015 Volume 4725

Abstract: Objective. To determine the correlation between microbiological culture and otic cytology for diagnoses of external otitis by Malassezia in dogs. Materials and methods. 158 ear swabs of dogs with clinical diagnosis of external otitis were analyzed by ... ...

Abstract	Objective. To determine the correlation between microbiological culture and otic cytology for diagnoses of external otitis by Malassezia in dogs. Materials and methods. 158 ear swabs of dogs with clinical diagnosis of external otitis were analyzed by cytology, mycological culture and metabolic tests. Results. Were obtained a positive results by cytology of 62% and 75.3% by culture. The 31.1% of isolates were identified as M. pachydermatis, 12.6% as M. furfur and 56.3% were classified as Malassezia spp., because was not possible to define the species. We found a positive concordance between cytology and culture for Malassezia spp., of 0.76 with a kappa index of 0.448 (95% CI 0.30 to 0.60) which represents a moderate strength of concordance between the two techniques, without regard the identified species. Conclusions. The use of a diagnostic test is not enough to establish the participation of Malassezia spp., as a causal disease agent.
Keywords	Canis familiaris ; diagnostic techniques ; Malassezia ; otitis externa ; Veterinary medicine ; SF600-1100 ; Animal culture ; SF1-1100 ; Agriculture ; S
Subject code	630
Language	Spanish
Publishing date	2015-09-01T00:00:00Z
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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Article ; Online: Concordance between otic cytology and culture in diagnosis of external otitis canine by Malassezia spp

Adriana Pulido-Villamarín / Rubiela Castañeda-Salazar / Melva Linares-Linares / Marcela Mercado-Reyes

Revista MVZ Cordoba, Vol 20, Iss

2015 Volume 3

Abstract: ABSTRACT Objective. To determine the correlation between microbiological culture and otic cytology for diagnoses of external otitis by Malassezia in dogs. Materials and methods. 158 ear swabs of dogs with clinical diagnosis of external otitis were ... ...

Abstract	ABSTRACT Objective. To determine the correlation between microbiological culture and otic cytology for diagnoses of external otitis by Malassezia in dogs. Materials and methods. 158 ear swabs of dogs with clinical diagnosis of external otitis were analyzed by cytology, mycological culture and metabolic tests. Results. Were obtained a positive results by cytology of 62% and 75.3% by culture. The 31.1% of isolates were identified as M. pachydermatis, 12.6% as M. furfur and 56.3% were classified as Malassezia spp., because was not possible to define the species. We found a positive concordance between cytology and culture for Malassezia spp., of 0.76 with a kappa index of 0.448 (95% CI 0.30 to 0.60) which represents a moderate strength of concordance between the two techniques, without regard the identified species. Conclusions. The use of a diagnostic test is not enough to establish the participation of Malassezia spp., as a causal disease agent.
Keywords	Canis familiaris ; diagnostic techniques ; Malassezia ; otitis externa ; Veterinary medicine ; SF600-1100
Subject code	630
Language	English
Publishing date	2015-09-01T00:00:00Z
Publisher	Universidad de Cordoba
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Low Neutralizing Antibody Titers against the Mu Variant of SARS-CoV-2 in 31 BNT162b2 Vaccinated Individuals in Colombia

Diego A. Álvarez-Díaz / Ana Luisa Muñoz / Pilar Tavera-Rodríguez / María T. Herrera-Sepúlveda / Hector Alejandro Ruiz-Moreno / Katherine Laiton-Donato / Carlos Franco-Muñoz / Dioselina Pelaez-Carvajal / Diego Cuellar / Alejandra M. Muñoz-Suarez / Marisol Galindo / Edgar J. Arias-Ramírez / Marcela Mercado-Reyes

Vaccines, Vol 10, Iss 180, p

2022 Volume 180

Abstract: Global surveillance programs for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are showing the emergence of variants with mutations in the spike protein. Genomic and laboratory surveillance are important to determine if these variants may ... ...

Abstract	Global surveillance programs for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are showing the emergence of variants with mutations in the spike protein. Genomic and laboratory surveillance are important to determine if these variants may be more infectious or less susceptible to antiviral treatments and vaccine-induced antibodies. Three of the most predominant SARS-CoV-2 variants in Colombia during the epidemiological peaks of 2021 were isolated: Mu, a variant of interest; Gamma, a variant of concern; B.1.111, which lacks genetic markers associated with greater virulence. Microneutralization assays were performed by incubating 120 mean tissue culture infectious doses (TCID50) of each SARS-CoV-2 isolate with five two-fold serial dilutions of sera from 31 BNT162b2-vaccinated volunteers. The mean neutralization titer (MN50) was calculated by the Reed–Muench method. At the end of August, Mu represented 49% of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases in Colombia, followed by 25% of Gamma. In contrast, B.1.111 became almost undetectable. The evaluation of neutralizing antibodies suggests that patients vaccinated with BNT162b2 generate neutralizing antibody titers against the Mu variant at significantly lower concentrations relative to B.1.111 and Gamma. This study shows the importance of continuing surveillance programs of emerging variants, as well as the need to evaluate the neutralizing antibody response induced by other vaccines.
Keywords	COVID-19 ; spike protein ; SARS-CoV-2 variants ; neutralizing antibodies ; Mu (B.1.621) variant ; gamma (P.1) variant ; Medicine ; R
Subject code	572
Language	English
Publishing date	2022-01-01T00:00:00Z
Publisher	MDPI AG
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: SARS-CoV-2 y RT-PCR en pacientes asintomáticos

Jeadran Malagón-Rojas / Claudia Gómez-Rendón / Eliana L. Parra / Julia Almentero / Ruth Palma / Ronald López / Yesith Guillermo Toloza-Pérez / Vivian Rubio / Juan Felipe Bedoya / Fernando López-Díaz / Carlos Franco-Muñoz / Jhonnatan Reales-González / Marcela Mercado-Reyes

Biomédica: revista del Instituto Nacional de Salud, Vol 40, Iss Supl. 2, Pp 166-

resultados de una cohorte de trabajadores del Aeropuerto Internacional El Dorado de Bogotá, 2020

2020 Volume 172

Abstract: Introducción. La pandemia de COVID-19 ha ocasionado cerca de 25 millones de casos en el mundo. Se ha descrito que los pacientes asintomáticos pueden ser fuentes de transmisión. Sin embargo, es difícil detectarlos y no es claro su papel en la dinámica de ... ...

Abstract	Introducción. La pandemia de COVID-19 ha ocasionado cerca de 25 millones de casos en el mundo. Se ha descrito que los pacientes asintomáticos pueden ser fuentes de transmisión. Sin embargo, es difícil detectarlos y no es claro su papel en la dinámica de transmisión del virus, lo que obstaculiza la implementación de estrategias para la prevención. Objetivo. Describir el comportamiento de la infección asintomática por SARS-CoV-2 en una cohorte de trabajadores del Aeropuerto Internacional El Dorado “Luis Carlos Galán Sarmiento” de Bogotá, Colombia. Materiales y métodos. Se diseñó una cohorte prospectiva de trabajadores del Aeropuerto El Dorado. El seguimiento se inició en junio de 2020 con una encuesta a cada trabajador para caracterizar sus condiciones de salud y trabajo. Cada 21 días se tomó una muestra de hisopado nasofaríngeo para detectar la presencia del SARS-CoV-2 mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR). Se analizó el comportamiento del umbral del ciclo (cycle threshold) de los genes ORF1ab y N según el día de seguimiento. Resultados. En los primeros tres seguimientos de la cohorte se encontró una incidencia de la infección por SARS-CoV-2 del 16,51 %. La proporción de contactos positivos fue del 14,08 %. La mediana del umbral del ciclo fue de 33,53. Conclusión. Se determinaron las características de la infección asintomática por el SARSCoV-2 en una cohorte de trabajadores. La detección de infectados asintomáticos sigue siendo un reto para los sistemas de vigilancia epidemiológica.
Keywords	infecciones por coronavirus ; infecciones asintomáticas ; síndrome de dificultad respiratoria del adulto ; reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa ; salud labora ; Medicine ; R ; Arctic medicine. Tropical medicine ; RC955-962
Language	English
Publishing date	2020-10-01T00:00:00Z
Publisher	Instituto Nacional de Salud
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Novel highly divergent SARS-CoV-2 lineage with the Spike substitutions L249S and E484K

Laiton-Donato, Katherine / Usme-Ciro, Jose A. / Franco-Munoz, Carlos / Alvarez-Diaz, Diego A. / Ruiz-Moreno, Hector Alejandro / Reales-Gonzalez, Jhonnatan / Prada, Diego Andres / Corchuelo, Sheryll / Herrera-Sepulveda, Maria T / Naizaque, Julian / Santamaria, Gerardo / Wiesner, Magdalena / Walteros, Diana Marcela / Ospina Martinez, Martha Lucia / Marcela Mercado-Reyes, Marcela

medRxiv

Abstract: COVID-19 pandemics has led to genetic diversification of SARS-CoV-2 and the appearance of variants with potential impact in transmissibility and viral escape from acquired immunity. We report a new lineage containing ten amino acid changes across the ... ...

Abstract	COVID-19 pandemics has led to genetic diversification of SARS-CoV-2 and the appearance of variants with potential impact in transmissibility and viral escape from acquired immunity. We report a new lineage containing ten amino acid changes across the genome. Further studies are required for monitoring its epidemiologic impact.
Keywords	covid19
Language	English
Publishing date	2021-03-15
Publisher	Cold Spring Harbor Laboratory Press
Document type	Article ; Online
DOI	10.1101/2021.03.12.21253000
Database	COVID19

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Article ; Online: Novel Highly Divergent SARS-CoV-2 Lineage With the Spike Substitutions L249S and E484K

Katherine Laiton-Donato / Jose A. Usme-Ciro / Carlos Franco-Muñoz / Diego A. Álvarez-Díaz / Hector Alejandro Ruiz-Moreno / Jhonnatan Reales-González / Diego Andrés Prada / Sheryll Corchuelo / Maria T. Herrera-Sepúlveda / Julian Naizaque / Gerardo Santamaría / Magdalena Wiesner / Diana Marcela Walteros / Martha Lucia Ospina Martínez / Marcela Mercado-Reyes

Frontiers in Medicine, Vol

2021 Volume 8

Abstract: COVID-19 pandemics has led to genetic diversification of SARS-CoV-2 and the appearance of variants with potential impact in transmissibility and viral escape from acquired immunity. We report a new and highly divergent lineage containing 21 distinctive ... ...

Abstract	COVID-19 pandemics has led to genetic diversification of SARS-CoV-2 and the appearance of variants with potential impact in transmissibility and viral escape from acquired immunity. We report a new and highly divergent lineage containing 21 distinctive mutations (10 non-synonymous, eight synonymous, and three substitutions in non-coding regions). The amino acid changes L249S and E484K located at the CTD and RBD of the Spike protein could be of special interest due to their potential biological role in the virus-host relationship. Further studies are required for monitoring the epidemiologic impact of this new lineage.
Keywords	SARS-CoV-2 ; lineage ; COVID-19 ; spike ; variant of interest ; Medicine (General) ; R5-920
Language	English
Publishing date	2021-06-01T00:00:00Z
Publisher	Frontiers Media S.A.
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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