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  1. Buch ; Dissertation / Habilitation: Liver metastases of colorectal cancer

    Peeters, Charlotte Fransisca Jacobus Maria

    the impact of the primary tumour on growth of metastases

    2007  

    Verfasserangabe door Charlotte Fransisca Jacobus Maria Peeters
    Sprache Niederländisch ; Englisch
    Umfang 167 S. : Ill., graph. Darst.
    Erscheinungsland Niederlande
    Dokumenttyp Buch ; Dissertation / Habilitation
    Dissertation / Habilitation Nijmegen, Univ., Diss., 2007
    Anmerkung Zsfassung in niederländ. Sprache
    HBZ-ID HT015516454
    ISBN 978-90-9022436-7 ; 90-9022436-X
    Datenquelle Katalog ZB MED Medizin, Gesundheit

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    SignaturLeihstatusStandort
    2008 E 358 bestellbar zur Ausleihe Magazin

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  2. Artikel ; Online: Govania unica gen. nov., sp. nov., a rare biosphere bacterium that represents a novel family in the class Alphaproteobacteria.

    Vandamme, Peter / Peeters, Charlotte / Hettiarachchi, Amanda / Cnockaert, Margo / Carlier, Aurélien

    Systematic and applied microbiology

    2023  Band 46, Heft 3, Seite(n) 126405

    Abstract: Strain LMG ... ...

    Abstract Strain LMG 31809
    Mesh-Begriff(e) Fatty Acids/chemistry ; RNA, Ribosomal, 16S/genetics ; Ecosystem ; Phylogeny ; Bacteria/genetics ; Alphaproteobacteria ; DNA, Bacterial/genetics ; Sequence Analysis, DNA ; Bacterial Typing Techniques
    Chemische Substanzen Fatty Acids ; RNA, Ribosomal, 16S ; DNA, Bacterial
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-03-05
    Erscheinungsland Germany
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 283612-9
    ISSN 1618-0984 ; 0723-2020
    ISSN (online) 1618-0984
    ISSN 0723-2020
    DOI 10.1016/j.syapm.2023.126405
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  3. Artikel ; Online: In Vitro

    Olbrecht, Margo / Echahidi, Fedoua / Piérard, Denis / Peeters, Charlotte / Vandamme, Peter / Wybo, Ingrid / Demuyser, Thomas

    Antimicrobial agents and chemotherapy

    2023  Band 67, Heft 7, Seite(n) e0037923

    Abstract: ... We ... ...

    Abstract We conducted
    Mesh-Begriff(e) Humans ; Meropenem ; Cystic Fibrosis ; Microbial Sensitivity Tests ; Anti-Bacterial Agents/pharmacology ; Achromobacter/genetics ; Piperacillin/pharmacology ; Tazobactam/pharmacology
    Chemische Substanzen Meropenem (FV9J3JU8B1) ; Anti-Bacterial Agents ; Piperacillin (X00B0D5O0E) ; Tazobactam (SE10G96M8W)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-06-13
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 217602-6
    ISSN 1098-6596 ; 0066-4804
    ISSN (online) 1098-6596
    ISSN 0066-4804
    DOI 10.1128/aac.00379-23
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  4. Artikel: Paraburkholderia gardini sp. nov. and Paraburkholderia saeva sp. nov.: novel aromatic compound degrading bacteria isolated from garden and forest soil samples

    Vanwijnsberghe, Sarah / Peeters, Charlotte / Cnockaert, Margo / De Canck, Evelien / Vandamme, Peter

    Systematic and applied microbiology. 2022 Mar. 14,

    2022  

    Abstract: Three forest and four botanical garden top soil isolates with unique MALDI-TOF mass spectra were identified as Paraburkholderia strains closely related to Paraburkholderia sartisoli through recA gene sequence analysis. OrthoANIu, digital DNA-DNA ... ...

    Abstract Three forest and four botanical garden top soil isolates with unique MALDI-TOF mass spectra were identified as Paraburkholderia strains closely related to Paraburkholderia sartisoli through recA gene sequence analysis. OrthoANIu, digital DNA-DNA hybridization analyses and phylogenomic analyses demonstrated that the five strains represented two new Paraburkholderia species closely related to P. sartisoli. The genome of strain LMG 31841ᵀ had a cumulative size of 6.3 Mb and a G+C content of 62.64 mol%; strain LMG 32171ᵀ had a genome size of 5.8 Mb and a G+C content of 62.91 mol%. Hemolysis on horse blood agar, beta-galactosidase and phosphoamidase activity, and assimilation of adipic acid and trisodium citrate allowed phenotypic differentiation of strains LMG 31841ᵀ, LMG 32171ᵀ and P. sartisoli LMG 24000ᵀ. An analysis of the genomic potential for aromatic compound degradation yielded additional differences among strains representing these three species, but also highlighted some discrepancies between the presence of genes and pathways, and the phenotype revealed through growth experiments using a mineral salts medium supplemented with single aromatic compounds as carbon sources. We propose to classify all isolates from the present study into two novel Paraburkholderia species, for which we propose the names Paraburkholderia gardini with LMG 32171ᵀ (= CECT 30344ᵀ) as the type strain, and Paraburkholderia saeva with LMG 31841ᵀ (= CECT 30338ᵀ) as the type strain.
    Schlagwörter Paraburkholderia ; adipic acid ; aromatic compounds ; beta-galactosidase ; botanical gardens ; carbon ; citrates ; culture media ; forest soils ; forests ; genomics ; hemolysis ; horses ; nucleic acid hybridization ; nucleotide sequences ; phenotype ; sequence analysis ; topsoil
    Sprache Englisch
    Erscheinungsverlauf 2022-0314
    Erscheinungsort Elsevier GmbH
    Dokumenttyp Artikel
    Anmerkung Pre-press version
    ZDB-ID 283612-9
    ISSN 1618-0984 ; 0723-2020
    ISSN (online) 1618-0984
    ISSN 0723-2020
    DOI 10.1016/j.syapm.2022.126318
    Datenquelle NAL Katalog (AGRICOLA)

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  5. Artikel ; Online: Paraburkholderia gardini sp. nov. and Paraburkholderia saeva sp. nov.: Novel aromatic compound degrading bacteria isolated from garden and forest soil samples.

    Vanwijnsberghe, Sarah / Peeters, Charlotte / Cnockaert, Margo / De Canck, Evelien / Vandamme, Peter

    Systematic and applied microbiology

    2022  Band 45, Heft 3, Seite(n) 126318

    Abstract: Three forest and four botanical garden top soil isolates with unique MALDI-TOF mass spectra were identified as Paraburkholderia strains closely related to Paraburkholderia sartisoli through recA gene sequence analysis. OrthoANIu, digital DNA-DNA ... ...

    Abstract Three forest and four botanical garden top soil isolates with unique MALDI-TOF mass spectra were identified as Paraburkholderia strains closely related to Paraburkholderia sartisoli through recA gene sequence analysis. OrthoANIu, digital DNA-DNA hybridization analyses and phylogenomic analyses demonstrated that the five strains represented two new Paraburkholderia species closely related to P. sartisoli. The genome of strain LMG 31841
    Mesh-Begriff(e) Bacterial Typing Techniques ; DNA, Bacterial/genetics ; Fatty Acids ; Forests ; Nucleic Acid Hybridization ; Phylogeny ; RNA, Ribosomal, 16S/genetics ; Sequence Analysis, DNA ; Soil ; Soil Microbiology
    Chemische Substanzen DNA, Bacterial ; Fatty Acids ; RNA, Ribosomal, 16S ; Soil
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-03-18
    Erscheinungsland Germany
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 283612-9
    ISSN 1618-0984 ; 0723-2020
    ISSN (online) 1618-0984
    ISSN 0723-2020
    DOI 10.1016/j.syapm.2022.126318
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  6. Artikel ; Online: Campylobacter majalis

    Lynch, Caoimhe / Peeters, Charlotte / Walsh, Niamh / McCarthy, Conor / Coffey, Aidan / Lucey, Brigid / Vandamme, Peter

    International journal of systematic and evolutionary microbiology

    2023  Band 72, Heft 12

    Abstract: Strains LMG ... ...

    Abstract Strains LMG 7974
    Mesh-Begriff(e) Animals ; Swine ; Sequence Analysis, DNA ; RNA, Ribosomal, 16S/genetics ; DNA, Bacterial/genetics ; Phylogeny ; Base Composition ; Bacterial Typing Techniques ; Fatty Acids/chemistry ; Campylobacter ; Mucous Membrane/chemistry ; Nucleic Acid Hybridization
    Chemische Substanzen RNA, Ribosomal, 16S ; DNA, Bacterial ; Fatty Acids
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-02-07
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2002336-4
    ISSN 1466-5034 ; 1466-5026
    ISSN (online) 1466-5034
    ISSN 1466-5026
    DOI 10.1099/ijsem.0.005510
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  7. Artikel: Network Analysis Based on Unique Spectral Features Enables an Efficient Selection of Genomically Diverse Operational Isolation Units

    Dumolin, Charles / Peeters, Charlotte / De Canck, Evelien / Boon, Nico / Vandamme, Peter

    Microorganisms. 2021 Feb. 17, v. 9, no. 2

    2021  

    Abstract: Culturomics-based bacterial diversity studies benefit from the implementation of MALDI-TOF MS to remove genomically redundant isolates from isolate collections. We previously introduced SPeDE, a novel tool designed to dereplicate spectral datasets at an ... ...

    Abstract Culturomics-based bacterial diversity studies benefit from the implementation of MALDI-TOF MS to remove genomically redundant isolates from isolate collections. We previously introduced SPeDE, a novel tool designed to dereplicate spectral datasets at an infraspecific level into operational isolation units (OIUs) based on unique spectral features. However, biological and technical variation may result in methodology-induced differences in MALDI-TOF mass spectra and hence provoke the detection of genomically redundant OIUs. In the present study, we used three datasets to analyze to which extent hierarchical clustering and network analysis allowed to eliminate redundant OIUs obtained through biological and technical sample variation and to describe the diversity within a set of spectra obtained from 134 unknown soil isolates. Overall, network analysis based on unique spectral features in MALDI-TOF mass spectra enabled a superior selection of genomically diverse OIUs compared to hierarchical clustering analysis and provided a better understanding of the inter-OIU relationships.
    Schlagwörter cluster analysis ; data collection ; design ; microorganisms ; sampling ; soil
    Sprache Englisch
    Erscheinungsverlauf 2021-0217
    Erscheinungsort Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    Dokumenttyp Artikel
    ZDB-ID 2720891-6
    ISSN 2076-2607
    ISSN 2076-2607
    DOI 10.3390/microorganisms9020416
    Datenquelle NAL Katalog (AGRICOLA)

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  8. Artikel ; Online: Description of Pseudoclavibacter triregionum sp. nov. from human blood and Pseudoclavibacter albus comb. nov., and revised classification of the genus Pseudoclavibacter: proposal of Caespitibacter gen. nov., with Caespitibacter soli comb. nov. and Caespitibacter caeni comb. nov

    Vandamme, Peter / Peeters, Charlotte / Seth-Smith, Helena M. B. / Schmid, Hanna / Cnockaert, Margo / Egli, Adrian / Goldenberger, Daniel

    Antonie van Leeuwenhoek. 2022 Apr., v. 115, no. 4 p.461-472

    2022  

    Abstract: We present polyphasic taxonomic data to demonstrate that strain 125703-2019ᵀ, a human blood isolate, represents a novel species within the genus Pseudoclavibacter, and to reclassify the illegitimate Zimmermannella alba Lin et al., 2004 as ... ...

    Abstract We present polyphasic taxonomic data to demonstrate that strain 125703-2019ᵀ, a human blood isolate, represents a novel species within the genus Pseudoclavibacter, and to reclassify the illegitimate Zimmermannella alba Lin et al., 2004 as Pseudoclavibacter albus comb. nov. Upon primary isolation, strain 125703-2019ᵀ could not be identified reliably using MALDI-TOF mass spectrometry during routine diagnostic work, but partial 16S rRNA gene sequence analysis revealed that it belonged to the genus Pseudoclavibacter. Average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridisation analyses confirmed that it represented a novel species within this genus. A detailed physiological characterisation yielded differential tests between the novel species and its nearest neighbor taxa, which could also be differentiated using MALDI-TOF mass spectrometry. We propose to formally classify this strain into the novel species Pseudoclavibacter triregionum sp. nov., with strain 125703-2019ᵀ (= R-76471ᵀ, LMG 31777ᵀ, CCUG 74796ᵀ) as the type strain. The whole-genome assembly of strain 125703-2019ᵀ has a size of 2.4 Mb and a G + C content of 72.74%. A Pseudoclavibacter pangenome analysis revealed that 667 gene clusters were exclusively present in strain 125703-2019ᵀ. While these gene clusters were enriched in several COG functional categories, this analysis did not reveal functions that explained the occurrence of this species in human infection. Finally, several phylogenetic and phylogenomic analyses demonstrated that the genus Pseudoclavibacter is polyphyletic with Pseudoclavibacter soli and Pseudoclavibacter caeni representing a unique and deeply branching line of descent within the family Microbacteriaceae. We therefore also propose to reclassify both species into the novel genus Caespitibacter gen. nov. as Caespitibacter soli comb. nov. and Caespitibacter caeni comb. nov., respectively, and with C. soli comb. nov. as the type species.
    Schlagwörter Microbacteriaceae ; blood ; genes ; human diseases ; humans ; hybridization ; matrix-assisted laser desorption-ionization mass spectrometry ; new genus ; nucleotide sequences ; polyphyly ; sequence analysis
    Sprache Englisch
    Erscheinungsverlauf 2022-04
    Umfang p. 461-472.
    Erscheinungsort Springer International Publishing
    Dokumenttyp Artikel ; Online
    ZDB-ID 214861-4
    ISSN 1572-9699 ; 0003-6072
    ISSN (online) 1572-9699
    ISSN 0003-6072
    DOI 10.1007/s10482-022-01712-0
    Datenquelle NAL Katalog (AGRICOLA)

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  9. Artikel ; Online: Novel

    Steyaert, Stephanie / Peeters, Charlotte / Wieme, Anneleen D / Muyldermans, Astrid / Vandoorslaer, Kristof / Spilker, Theodore / Wybo, Ingrid / Piérard, Denis / LiPuma, John J / Vandamme, Peter

    Microbiology spectrum

    2024  , Seite(n) e0402123

    Abstract: A collection of ... ...

    Abstract A collection of 161
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2024-04-25
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2807133-5
    ISSN 2165-0497 ; 2165-0497
    ISSN (online) 2165-0497
    ISSN 2165-0497
    DOI 10.1128/spectrum.04021-23
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  10. Artikel ; Online: A comparative genomic analysis of Fructobacillus evanidus sp. nov. from bumble bees.

    Botero, Juliana / Peeters, Charlotte / De Canck, Evelien / Laureys, David / Wieme, Anneleen D / Cleenwerck, Ilse / Depoorter, Eliza / Praet, Jessy / Michez, Denis / Smagghe, Guy / Vandamme, Peter

    Systematic and applied microbiology

    2024  Band 47, Heft 2-3, Seite(n) 126505

    Abstract: The increase in studies on bee microbiomes is prompted by concerns over global pollinator declines. Bumble bees host core and non-core microbiota which may contribute to increased lifetime fitness. The presence of Fructobacillus in the gut microbiomes of ...

    Abstract The increase in studies on bee microbiomes is prompted by concerns over global pollinator declines. Bumble bees host core and non-core microbiota which may contribute to increased lifetime fitness. The presence of Fructobacillus in the gut microbiomes of bumble bee workers, or the replacement of core symbionts with Fructobacillus bacteria, has been considered a marker of dysbiosis. A phylogenomic analysis and functional genomic characterization of the genomes of 21 Fructobacillus isolates from bumble bees demonstrated that they represented four species, i.e. Fructobacillus cardui, Fructobacillus fructosus, Fructobacillus tropaeoli, and the novel species Fructobacillus evanidus sp. nov. Our results confirmed and substantiated the presence of two phylogenetically and functionally distinct Fructobacillus species clades that differ in genome size, percentage G + C content, the number of coding DNA sequences and metabolic characteristics. Clade 1 and clade 2 species differed in amino acid and, to a lesser extent, in carbohydrate metabolism, with F. evanidus and F. tropaeoli genomes featuring a higher number of complete metabolic pathways. While Fructobacillus genomes encoded genes that allow adhesion, biofilm formation, antibacterial activity and detoxification, other bacteria isolated from the bumble bee gut appeared better equipped to co-exist with the bumble bee host. The isolation and identification of multiple Fructobacillus species from several bumble bee gut samples in the present study also argued against a specific partnership between Fructobacillus species and their bumble bee hosts.
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2024-03-22
    Erscheinungsland Germany
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 283612-9
    ISSN 1618-0984 ; 0723-2020
    ISSN (online) 1618-0984
    ISSN 0723-2020
    DOI 10.1016/j.syapm.2024.126505
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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