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  1. Artikel ; Online: Analysis of RNA-DNA Triplex Structures In Vitro and In Vivo.

    Postepska-Igielska, Anna / Blank-Giwojna, Alena / Grummt, Ingrid

    Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)

    2020  Band 2161, Seite(n) 229–246

    Abstract: RNA can bind within the major groove of purine-rich DNA via Hoogsteen base pairing and form a triple helical RNA-DNA structure that anchors the RNA to specific DNA sequences, thereby targeting RNA-associated regulatory proteins to distinct genomic sites. ...

    Abstract RNA can bind within the major groove of purine-rich DNA via Hoogsteen base pairing and form a triple helical RNA-DNA structure that anchors the RNA to specific DNA sequences, thereby targeting RNA-associated regulatory proteins to distinct genomic sites. Here we present methods to analyze the potential of a given RNA to form triplexes in vitro and to validate these structures in vivo.
    Mesh-Begriff(e) DNA/chemistry ; Electrophoretic Mobility Shift Assay/methods ; HeLa Cells ; Humans ; Nucleic Acid Conformation ; RNA/chemistry
    Chemische Substanzen triplex DNA ; RNA (63231-63-0) ; DNA (9007-49-2)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-07-17
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ISSN 1940-6029
    ISSN (online) 1940-6029
    DOI 10.1007/978-1-0716-0680-3_16
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  2. Artikel ; Online: lncRNA KHPS1 Activates a Poised Enhancer by Triplex-Dependent Recruitment of Epigenomic Regulators.

    Blank-Giwojna, Alena / Postepska-Igielska, Anna / Grummt, Ingrid

    Cell reports

    2019  Band 26, Heft 11, Seite(n) 2904–2915.e4

    Abstract: Transcription of the proto-oncogene SPHK1 is regulated by KHPS1, an antisense RNA that activates SPHK1 expression by forming a triple-helical RNA-DNA-DNA structure at the SPHK1 enhancer. Triplex-mediated tethering of KHPS1 to its target gene is required ... ...

    Abstract Transcription of the proto-oncogene SPHK1 is regulated by KHPS1, an antisense RNA that activates SPHK1 expression by forming a triple-helical RNA-DNA-DNA structure at the SPHK1 enhancer. Triplex-mediated tethering of KHPS1 to its target gene is required for recruitment of E2F1 and p300 and transcription of the RNA derived from the SPHK1 enhancer (eRNA-Sphk1). eRNA-Sphk1 evicts CTCF, which insulates the enhancer from the SPHK1 promoter, thus facilitating SPHK1 expression. Genomic deletion of the triplex-forming sequence attenuates SPHK1 expression, leading to decreased cell migration and invasion. Replacement of the triplex-forming region (TFR) of KHPS1 by the TFR of the lncRNA MEG3 tethers KHPS1 to the MEG3 target gene TGFBR1, underscoring the interchangeability and anchoring function of sequences involved in triplex formation. Altogether, the results reveal a triplex-driven feedforward mechanism involving lncRNA-dependent induction of eRNA, which enhances expression of specific target genes.
    Mesh-Begriff(e) 3T3 Cells ; Animals ; Enhancer Elements, Genetic ; Epigenesis, Genetic ; Gene Expression Regulation, Neoplastic ; HeLa Cells ; Humans ; Mice ; Phosphotransferases (Alcohol Group Acceptor)/genetics ; Phosphotransferases (Alcohol Group Acceptor)/metabolism ; RNA, Long Noncoding/genetics ; RNA, Long Noncoding/metabolism ; Receptor, Transforming Growth Factor-beta Type I/genetics ; Receptor, Transforming Growth Factor-beta Type I/metabolism
    Chemische Substanzen Khps1 long noncoding RNA, human ; MEG3 non-coding RNA, human ; RNA, Long Noncoding ; Phosphotransferases (Alcohol Group Acceptor) (EC 2.7.1.-) ; sphingosine kinase (EC 2.7.1.-) ; Receptor, Transforming Growth Factor-beta Type I (EC 2.7.11.30) ; TGFBR1 protein, human (EC 2.7.11.30)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2019-03-13
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 2649101-1
    ISSN 2211-1247 ; 2211-1247
    ISSN (online) 2211-1247
    ISSN 2211-1247
    DOI 10.1016/j.celrep.2019.02.059
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  3. Artikel ; Online: NoRC silences rRNA genes, telomeres, and centromeres.

    Postepska-Igielska, Anna / Grummt, Ingrid

    Cell cycle (Georgetown, Tex.)

    2014  Band 13, Heft 4, Seite(n) 493–494

    Mesh-Begriff(e) Centromere/metabolism ; Chromatin Assembly and Disassembly ; Genes, rRNA ; Heterochromatin/genetics ; Humans ; Mitosis ; Telomere/metabolism
    Chemische Substanzen Heterochromatin
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2014-01-13
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Editorial ; Comment
    ZDB-ID 2146183-1
    ISSN 1551-4005 ; 1538-4101 ; 1554-8627
    ISSN (online) 1551-4005
    ISSN 1538-4101 ; 1554-8627
    DOI 10.4161/cc.27783
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 5881: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  4. Artikel ; Online: Noisy silence: non-coding RNA and heterochromatin formation at repetitive elements.

    Bierhoff, Holger / Postepska-Igielska, Anna / Grummt, Ingrid

    Epigenetics

    2013  Band 9, Heft 1, Seite(n) 53–61

    Abstract: A significant fraction of eukaryotic genomes comprises repetitive sequences, including rRNA genes, centromeres, telomeres, and retrotransposons. Repetitive elements are hotspots for recombination and represent a serious challenge for genome integrity. ... ...

    Abstract A significant fraction of eukaryotic genomes comprises repetitive sequences, including rRNA genes, centromeres, telomeres, and retrotransposons. Repetitive elements are hotspots for recombination and represent a serious challenge for genome integrity. Maintaining these repeated elements in a compact heterochromatic structure suppresses recombination and unwanted mutagenic transposition, and is therefore indispensable for genomic stability. Paradoxically, repetitive elements are not transcriptionally inert, but produce RNA that has important functions in regulating and reinforcing the heterochromatic state. Here, we review the role of non-coding RNA (ncRNA) in recruiting chromatin-modifying enzymes to repetitive genomic loci to establish a repressive chromatin structure that safeguards chromosome integrity and genome stability.
    Mesh-Begriff(e) Animals ; Centromere/genetics ; Chromatin Assembly and Disassembly ; Epigenesis, Genetic ; Genes, rRNA ; Genomic Instability ; Heterochromatin/genetics ; Heterochromatin/metabolism ; Humans ; RNA, Untranslated/genetics ; RNA, Untranslated/metabolism ; Repetitive Sequences, Nucleic Acid ; Retroelements ; Telomere/genetics
    Chemische Substanzen Heterochromatin ; RNA, Untranslated ; Retroelements
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2013-10-11
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Review
    ISSN 1559-2308
    ISSN (online) 1559-2308
    DOI 10.4161/epi.26485
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  5. Artikel: LncRNA Khps1 Regulates Expression of the Proto-oncogene SPHK1 via Triplex-Mediated Changes in Chromatin Structure

    Postepska-Igielska, Anna / Alena Giwojna / Annabelle Dold / Doron Ginsberg / Ingrid Grummt / Lital Gasri-Plotnitsky / Nina Schmitt

    Molecular cell. 2015 Nov. 19, v. 60

    2015  

    Abstract: Although thousands of long noncoding RNAs (lncRNAs) have been discovered, very little is known about their mode of action. Here we functionally characterize an E2F1-regulated lncRNA named Khps1, which is transcribed in antisense orientation to the proto- ... ...

    Abstract Although thousands of long noncoding RNAs (lncRNAs) have been discovered, very little is known about their mode of action. Here we functionally characterize an E2F1-regulated lncRNA named Khps1, which is transcribed in antisense orientation to the proto-oncogene SPHK1. Khps1 activates SPHK1 expression by recruiting the histone acetyltransferase p300/CBP to the SPHK1 promoter, which leads to local changes of the chromatin structure that ensures E2F1 binding and enhances transcription. Mechanistically, this is achieved by direct association of Khps1 with a homopurine stretch upstream of the transcription start site of SPHK1, which forms a DNA-RNA triplex that anchors the lncRNA and associated effector proteins to the gene promoter. The results reveal an lncRNA- and E2F1-driven regulatory loop in which E2F1-dependent induction of antisense RNA leads to changes in chromatin structure, facilitating E2F1-dependent expression of SPHK1 and restriction of E2F1-induced apoptosis.
    Schlagwörter antisense RNA ; apoptosis ; chromatin ; histone acetyltransferase ; mechanism of action ; non-coding RNA ; proto-oncogenes ; transcription (genetics)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsverlauf 2015-1119
    Umfang p. 626-636.
    Erscheinungsort Elsevier Inc.
    Dokumenttyp Artikel
    ZDB-ID 1415236-8
    ISSN 1097-4164 ; 1097-2765
    ISSN (online) 1097-4164
    ISSN 1097-2765
    DOI 10.1016/j.molcel.2015.10.001
    Datenquelle NAL Katalog (AGRICOLA)

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    Verfügbar in ZB MED Bonn

    Z 2005/501: Hefte anzeigen

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  6. Artikel ; Online: LncRNA Khps1 Regulates Expression of the Proto-oncogene SPHK1 via Triplex-Mediated Changes in Chromatin Structure.

    Postepska-Igielska, Anna / Giwojna, Alena / Gasri-Plotnitsky, Lital / Schmitt, Nina / Dold, Annabelle / Ginsberg, Doron / Grummt, Ingrid

    Molecular cell

    2015  Band 60, Heft 4, Seite(n) 626–636

    Abstract: Although thousands of long noncoding RNAs (lncRNAs) have been discovered, very little is known about their mode of action. Here we functionally characterize an E2F1-regulated lncRNA named Khps1, which is transcribed in antisense orientation to the proto- ... ...

    Abstract Although thousands of long noncoding RNAs (lncRNAs) have been discovered, very little is known about their mode of action. Here we functionally characterize an E2F1-regulated lncRNA named Khps1, which is transcribed in antisense orientation to the proto-oncogene SPHK1. Khps1 activates SPHK1 expression by recruiting the histone acetyltransferase p300/CBP to the SPHK1 promoter, which leads to local changes of the chromatin structure that ensures E2F1 binding and enhances transcription. Mechanistically, this is achieved by direct association of Khps1 with a homopurine stretch upstream of the transcription start site of SPHK1, which forms a DNA-RNA triplex that anchors the lncRNA and associated effector proteins to the gene promoter. The results reveal an lncRNA- and E2F1-driven regulatory loop in which E2F1-dependent induction of antisense RNA leads to changes in chromatin structure, facilitating E2F1-dependent expression of SPHK1 and restriction of E2F1-induced apoptosis.
    Mesh-Begriff(e) Apoptosis ; Cell Proliferation ; Chromatin Assembly and Disassembly ; E2F1 Transcription Factor/metabolism ; Gene Expression Regulation ; Hep G2 Cells ; Humans ; Nucleic Acid Conformation ; Phosphotransferases (Alcohol Group Acceptor)/genetics ; Promoter Regions, Genetic ; RNA, Long Noncoding/metabolism ; p300-CBP Transcription Factors/metabolism
    Chemische Substanzen E2F1 Transcription Factor ; E2F1 protein, human ; Khps1 long noncoding RNA, human ; RNA, Long Noncoding ; p300-CBP Transcription Factors (EC 2.3.1.48) ; Phosphotransferases (Alcohol Group Acceptor) (EC 2.7.1.-) ; sphingosine kinase (EC 2.7.1.-)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2015-11-17
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 1415236-8
    ISSN 1097-4164 ; 1097-2765
    ISSN (online) 1097-4164
    ISSN 1097-2765
    DOI 10.1016/j.molcel.2015.10.001
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 5055: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  7. Artikel ; Online: The chromatin remodelling complex NoRC safeguards genome stability by heterochromatin formation at telomeres and centromeres.

    Postepska-Igielska, Anna / Krunic, Damir / Schmitt, Nina / Greulich-Bode, Karin M / Boukamp, Petra / Grummt, Ingrid

    EMBO reports

    2013  Band 14, Heft 8, Seite(n) 704–710

    Abstract: Constitutive heterochromatin is crucial for the integrity of chromosomes and genomic stability. Here, we show that the chromatin remodelling complex NoRC, known to silence a fraction of rRNA genes, also establishes a repressive heterochromatic structure ... ...

    Abstract Constitutive heterochromatin is crucial for the integrity of chromosomes and genomic stability. Here, we show that the chromatin remodelling complex NoRC, known to silence a fraction of rRNA genes, also establishes a repressive heterochromatic structure at centromeres and telomeres, preserving the structural integrity of these repetitive loci. Knockdown of NoRC leads to relaxation of centromeric and telomeric heterochromatin, abnormalities in mitotic spindle assembly, impaired chromosome segregation and enhanced chromosomal instability. The results demonstrate that NoRC safeguards genomic stability by coordinating enzymatic activities that establish features of repressive chromatin at centromeric and telomeric regions, and this heterochromatic structure is required for sustaining genomic integrity.
    Mesh-Begriff(e) Autoantigens/genetics ; Autoantigens/metabolism ; Cell Nucleus/genetics ; Cell Nucleus/metabolism ; Centromere/metabolism ; Centromere Protein A ; Chromatin Assembly and Disassembly ; Chromosomal Proteins, Non-Histone/antagonists & inhibitors ; Chromosomal Proteins, Non-Histone/genetics ; Chromosomal Proteins, Non-Histone/metabolism ; Chromosome Segregation ; Gene Expression Regulation ; Genes, rRNA ; Genomic Instability ; HeLa Cells ; Heterochromatin/genetics ; Heterochromatin/metabolism ; Histones/genetics ; Histones/metabolism ; Humans ; Mitosis ; RNA, Small Interfering/genetics ; Telomere/metabolism
    Chemische Substanzen Autoantigens ; BAZ2A protein, human ; Centromere Protein A ; Chromosomal Proteins, Non-Histone ; Heterochromatin ; Histones ; RNA, Small Interfering
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2013-06-25
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 2020896-0
    ISSN 1469-3178 ; 1469-221X
    ISSN (online) 1469-3178
    ISSN 1469-221X
    DOI 10.1038/embor.2013.87
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Zs.A 5433: Hefte anzeigen Standort:
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    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MG 41: Hefte anzeigen

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