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Article ; Online: Land use and green crime: Assessing the edge effect

Folharini, Saulo de Oliveira / Melo, Silas Nogueira de / Ramos, Rafael Guimarães / Brown, J. Christopher

Land Use Policy. 2023 June, v. 129 p.106636-

2023

Abstract: Green crimes are violations of environmental laws that aim to protect human well-being, natural resources, and ecosystems. Brazil has recorded an increase in green crimes in recent years. In this study, we used Spatial Durbin and other regression models ... ...

Abstract	Green crimes are violations of environmental laws that aim to protect human well-being, natural resources, and ecosystems. Brazil has recorded an increase in green crimes in recent years. In this study, we used Spatial Durbin and other regression models to analyze the relationship between land use and green crime. We test whether there is a positive association between green crimes and the following land uses: urban edge areas, rural edge areas, and mixed urban uses. The results show that green crimes are spatially related to areas of high contact and exposure between human activity and the natural environment (urban and rural mixed uses), but that human presence by itself (presence of industrial activity) is not particularly associated with the occurrence of green crimes. These findings can serve to design and deploy data-driven policies and policing of green crimes.
Keywords	crime ; edge effects ; humans ; land policy ; land use ; social welfare ; Brazil ; Green Crime ; Edges
Language	English
Dates of publication	2023-06
Publishing place	Elsevier Ltd
Document type	Article ; Online
ZDB-ID	852476-2
ISSN	0264-8377
ISSN	0264-8377
DOI	10.1016/j.landusepol.2023.106636
Database	NAL-Catalogue (AGRICOLA)

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Article ; Online: Discovery of a cryptic pocket in the AI-predicted structure of PPM1D phosphatase explains the binding site and potency of its allosteric inhibitors

Artur Meller / Saulo De Oliveira / Aram Davtyan / Tigran Abramyan / Gregory R. Bowman / Henry van den Bedem

Frontiers in Molecular Biosciences, Vol

2023 Volume 10

Abstract: Virtual screening is a widely used tool for drug discovery, but its predictive power can vary dramatically depending on how much structural data is available. In the best case, crystal structures of a ligand-bound protein can help find more potent ... ...

Abstract	Virtual screening is a widely used tool for drug discovery, but its predictive power can vary dramatically depending on how much structural data is available. In the best case, crystal structures of a ligand-bound protein can help find more potent ligands. However, virtual screens tend to be less predictive when only ligand-free crystal structures are available, and even less predictive if a homology model or other predicted structure must be used. Here, we explore the possibility that this situation can be improved by better accounting for protein dynamics, as simulations started from a single structure have a reasonable chance of sampling nearby structures that are more compatible with ligand binding. As a specific example, we consider the cancer drug target PPM1D/Wip1 phosphatase, a protein that lacks crystal structures. High-throughput screens have led to the discovery of several allosteric inhibitors of PPM1D, but their binding mode remains unknown. To enable further drug discovery efforts, we assessed the predictive power of an AlphaFold-predicted structure of PPM1D and a Markov state model (MSM) built from molecular dynamics simulations initiated from that structure. Our simulations reveal a cryptic pocket at the interface between two important structural elements, the flap and hinge regions. Using deep learning to predict the pose quality of each docked compound for the active site and cryptic pocket suggests that the inhibitors strongly prefer binding to the cryptic pocket, consistent with their allosteric effect. The predicted affinities for the dynamically uncovered cryptic pocket also recapitulate the relative potencies of the compounds (τb = 0.70) better than the predicted affinities for the static AlphaFold-predicted structure (τb = 0.42). Taken together, these results suggest that targeting the cryptic pocket is a good strategy for drugging PPM1D and, more generally, that conformations selected from simulation can improve virtual screening when limited structural data is available.
Keywords	allosteric inhibition ; cryptic site ; molecular dynamics simulation ; markov state models ; deep learning ; virtual high throughput screening (vHTS) ; Biology (General) ; QH301-705.5
Subject code	540
Language	English
Publishing date	2023-04-01T00:00:00Z
Publisher	Frontiers Media S.A.
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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Article ; Online: Co-evolution techniques are reshaping the way we do structural bioinformatics [version 1; referees

Saulo de Oliveira / Charlotte Deane

F1000Research, Vol

2 approved]

2017 Volume 6

Abstract: Co-evolution techniques were originally conceived to assist in protein structure prediction by inferring pairs of residues that share spatial proximity. However, the functional relationships that can be extrapolated from co-evolution have also proven to ... ...

Abstract	Co-evolution techniques were originally conceived to assist in protein structure prediction by inferring pairs of residues that share spatial proximity. However, the functional relationships that can be extrapolated from co-evolution have also proven to be useful in a wide array of structural bioinformatics applications. These techniques are a powerful way to extract structural and functional information in a sequence-rich world.
Keywords	Biocatalysis ; Bioinformatics ; Biomacromolecule-Ligand Interactions ; Macromolecular Assemblies & Machines ; Membrane Proteins & Energy Transduction ; Protein Chemistry & Proteomics ; Protein Folding ; Structural Genomics ; Structure: Replication & Repair ; Theory & Simulation ; Medicine ; R ; Science ; Q
Language	English
Publishing date	2017-07-01T00:00:00Z
Publisher	F1000 Research Ltd
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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Article: Effect of protected areas on forest crimes in Brazil

Folharini, Saulo de Oliveira / Melo, Silas Nogueira de / Cameron, Stephen R.

Journal of environmental planning and management. 2022 Jan. 28, v. 65, no. 2

2022

Abstract: Forest crimes are a sparsely researched topic. There is ample evidence that protected areas play a role in lessening deforestation in the developing world, but their relationship to forest crimes is unknown. We examine the coastal municipalities of São ... ...

Abstract	Forest crimes are a sparsely researched topic. There is ample evidence that protected areas play a role in lessening deforestation in the developing world, but their relationship to forest crimes is unknown. We examine the coastal municipalities of São Paulo State, Brazil to identify what role protected areas play in the incidence of forest crimes, using a series of regression models. Our findings provide support for a positive and significant relationship between protected areas and forest crime, likely due to increased opportunities for the commission of crimes, enhanced environmental monitoring and enforcement, and the reduction of legally exploitable forest areas. In addition, education levels were significant in contributing to increased forest crimes. The implications of our results are discussed in the context of public policy as well as forest crime prevention initiatives. While protected areas appear to contribute to a higher incidence of forest crimes in coastal São Paulo State.
Keywords	crime ; crime prevention ; deforestation ; forests ; public policy ; Brazil
Language	English
Dates of publication	2022-0128
Size	p. 272-287.
Publishing place	Routledge
Document type	Article
ZDB-ID	2000921-5
ISSN	1360-0559 ; 0964-0568
ISSN (online)	1360-0559
ISSN	0964-0568
DOI	10.1080/09640568.2021.1881885
Database	NAL-Catalogue (AGRICOLA)

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Article ; Online: Políticas de Educación Ambiental en América Latina

Saulo De Oliveira Pinto Coelho / Felipe Magalhães Bambirra

Revista de Direito Ambiental e Socioambientalismo, Vol 1, Iss 1, Pp 231-

Aportes e Desafíos para un Dialogo Interconstitucional

2015 Volume 256

Abstract: El propósito del presente paper es comprender, desde una metodología comparativa y crítica- reflexiva, en el marco de una perspectiva interconstitucional, la forma de promoción conjunta del derecho al medio ambiente a través de políticas públicas la ... ...

Abstract	El propósito del presente paper es comprender, desde una metodología comparativa y crítica- reflexiva, en el marco de una perspectiva interconstitucional, la forma de promoción conjunta del derecho al medio ambiente a través de políticas públicas la educación ambiental en los niveles supranacionales, nacionales y locales, especialmente en el primer caso, las iniciativas regionales de América Latina y el Caribe - la Propuesta de Programa Latinoamericano y del Caribe de Educación Ambiental en el contexto del Desarrollo Sostenible (PLACEA) y la propuesta de sub -regional, el Plan Andino-Amazónico de Comunicación y Educación Ambiental (PANACEA) -, así como su coherencia con los planes y políticas para la educación ambiental en la región nacionales. El análisis de los planes nacionales se centrará en las constituciones y los planes nacionales de educación ambiental de Bolivia, Ecuador y Brasil, y en el ámbito local, cuya concreción, se espera, sea fuerte, se seleccionaron los planes para la educación ambiental de los estados Minas Gerais y Goiás. Pregunta sobre la sinergia e idoneidad en el lenguaje utilizado por diversos actores, hacia la construcción de una educación democrática, emancipadora, dirigida al respeto, el reconocimiento y pluralismo.
Keywords	Educação ; Direito ambiental ; Constitucionalismo ; Environmental sciences ; GE1-350 ; Law ; K
Language	Portuguese
Publishing date	2015-12-01T00:00:00Z
Publisher	Conselho Nacional de Pesquisa e Pós-graduação em Direito (CONPEDI)
Document type	Article ; Online
Database	BASE - Bielefeld Academic Search Engine (life sciences selection)

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Article ; Online: Distribuição e potencial erosivo das chuvas no Estado do Tocantins

Marcelo Ribeiro Viola / Junior Cesar Avanzi / Carlos Rogério de Mello / Saulo de Oliveira Lima / Marcos Vinicius Giongo Alves

Pesquisa Agropecuária Brasileira, Vol 49, Iss 2, Pp 125-

2014 Volume 135

Abstract: O objetivo deste trabalho foi determinar os valores de erosividade e gerar os mapas da distribuição espaço-temporal das chuvas no Estado do Tocantins. Analisaram-se séries históricas pluviométricas de 97 postos pluviométricos, compreendendo o período de ... ...

Abstract	O objetivo deste trabalho foi determinar os valores de erosividade e gerar os mapas da distribuição espaço-temporal das chuvas no Estado do Tocantins. Analisaram-se séries históricas pluviométricas de 97 postos pluviométricos, compreendendo o período de 1985 a 2009. A erosividade foi estimada por meio de equações nas quais a variável independente foi a precipitação média mensal ou o coeficiente de chuva de Fournier (Rc). A geoestatística foi aplicada para o mapeamento da erosividade tanto na escala mensal quanto na anual. A erosividade anual apresentou valores entre 6.599 e 14.000 MJ mm ha-1 h-1, com auge em dezembro, quando atingiu valores de até 2.800 MJ mm ha-1 h-1 por mês. De maio a setembro, a erosividade apresentou valores inferiores ao crítico, tido como 500 MJ mm ha-1 h-1 por mês. Foram identificadas três regiões prioritárias para ações de planejamento visando a conservação do solo e da água: região centro-oeste do Estado, nas imediações do Parque Estadual do Cantão, com maior erosividade anual; região norte do Estado, especialmente no primeiro trimestre; e região sudeste do Estado, no quarto trimestre.
Keywords	conservação de solo e água ; índice de erosividade da chuva ; erosão hídrica ; geoestatística ; mapeamento ; Agriculture (General) ; S1-972 ; Agriculture ; S
Language	Portuguese
Publishing date	2014-02-01T00:00:00Z
Publisher	Embrapa Informação Tecnológica
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Distribuição e potencial erosivo das chuvas no Estado do Tocantins

Marcelo Ribeiro Viola / Junior Cesar Avanzi / Carlos Rogério de Mello / Saulo de Oliveira Lima / Marcos Vinicius Giongo Alves

Pesquisa Agropecuária Brasileira, Vol 49, Iss 2, Pp 125-

2014 Volume 135

Abstract	O objetivo deste trabalho foi determinar os valores de erosividade e gerar os mapas da distribuição espaço-temporal das chuvas no Estado do Tocantins. Analisaram-se séries históricas pluviométricas de 97 postos pluviométricos, compreendendo o período de 1985 a 2009. A erosividade foi estimada por meio de equações nas quais a variável independente foi a precipitação média mensal ou o coeficiente de chuva de Fournier (Rc). A geoestatística foi aplicada para o mapeamento da erosividade tanto na escala mensal quanto na anual. A erosividade anual apresentou valores entre 6.599 e 14.000 MJ mm ha-1 h-1, com auge em dezembro, quando atingiu valores de até 2.800 MJ mm ha-1 h-1 por mês. De maio a setembro, a erosividade apresentou valores inferiores ao crítico, tido como 500 MJ mm ha-1 h-1 por mês. Foram identificadas três regiões prioritárias para ações de planejamento visando a conservação do solo e da água: região centro-oeste do Estado, nas imediações do Parque Estadual do Cantão, com maior erosividade anual; região norte do Estado, especialmente no primeiro trimestre; e região sudeste do Estado, no quarto trimestre.
Keywords	conservação de solo e água ; índice de erosividade da chuva ; erosão hídrica ; geoestatística ; mapeamento ; Agriculture (General) ; S1-972 ; Agriculture ; S
Language	Portuguese
Publishing date	2014-02-01T00:00:00Z
Publisher	Embrapa Informação Tecnológica
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Distribuição e potencial erosivo das chuvas no Estado do Tocantins

Marcelo Ribeiro Viola / Junior Cesar Avanzi / Carlos Rogério de Mello / Saulo de Oliveira Lima / Marcos Vinicius Giongo Alves

Pesquisa Agropecuária Brasileira, Vol 49, Iss 2, Pp 125-

2014 Volume 135

Abstract	O objetivo deste trabalho foi determinar os valores de erosividade e gerar os mapas da distribuição espaço-temporal das chuvas no Estado do Tocantins. Analisaram-se séries históricas pluviométricas de 97 postos pluviométricos, compreendendo o período de 1985 a 2009. A erosividade foi estimada por meio de equações nas quais a variável independente foi a precipitação média mensal ou o coeficiente de chuva de Fournier (Rc). A geoestatística foi aplicada para o mapeamento da erosividade tanto na escala mensal quanto na anual. A erosividade anual apresentou valores entre 6.599 e 14.000 MJ mm ha-1 h-1, com auge em dezembro, quando atingiu valores de até 2.800 MJ mm ha-1 h-1 por mês. De maio a setembro, a erosividade apresentou valores inferiores ao crítico, tido como 500 MJ mm ha-1 h-1 por mês. Foram identificadas três regiões prioritárias para ações de planejamento visando a conservação do solo e da água: região centro-oeste do Estado, nas imediações do Parque Estadual do Cantão, com maior erosividade anual; região norte do Estado, especialmente no primeiro trimestre; e região sudeste do Estado, no quarto trimestre.
Keywords	conservação de solo e água ; índice de erosividade da chuva ; erosão hídrica ; geoestatística ; mapeamento ; Agriculture (General) ; S1-972 ; Agriculture ; S
Language	Portuguese
Publishing date	2014-02-01T00:00:00Z
Publisher	Embrapa Informação Tecnológica
Document type	Article ; Online
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Marcelo Ribeiro Viola / Junior Cesar Avanzi / Carlos Rogério de Mello / Saulo de Oliveira Lima / Marcos Vinicius Giongo Alves

Pesquisa Agropecuária Brasileira, Vol 49, Iss 2, Pp 125-

2014 Volume 135

Abstract	O objetivo deste trabalho foi determinar os valores de erosividade e gerar os mapas da distribuição espaço-temporal das chuvas no Estado do Tocantins. Analisaram-se séries históricas pluviométricas de 97 postos pluviométricos, compreendendo o período de 1985 a 2009. A erosividade foi estimada por meio de equações nas quais a variável independente foi a precipitação média mensal ou o coeficiente de chuva de Fournier (Rc). A geoestatística foi aplicada para o mapeamento da erosividade tanto na escala mensal quanto na anual. A erosividade anual apresentou valores entre 6.599 e 14.000 MJ mm ha-1 h-1, com auge em dezembro, quando atingiu valores de até 2.800 MJ mm ha-1 h-1 por mês. De maio a setembro, a erosividade apresentou valores inferiores ao crítico, tido como 500 MJ mm ha-1 h-1 por mês. Foram identificadas três regiões prioritárias para ações de planejamento visando a conservação do solo e da água: região centro-oeste do Estado, nas imediações do Parque Estadual do Cantão, com maior erosividade anual; região norte do Estado, especialmente no primeiro trimestre; e região sudeste do Estado, no quarto trimestre.
Keywords	conservação de solo e água ; índice de erosividade da chuva ; erosão hídrica ; geoestatística ; mapeamento ; Agriculture (General) ; S1-972
Language	English
Publishing date	2014-02-01T00:00:00Z
Publisher	Embrapa Informação Tecnológica
Document type	Article ; Online
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Article ; Online: Agricultural potential of areas under pasture in southern Tocantins

Jefferson Santana da Silva Carneiro / Dayane Barros da Silva / Robson da Costa Leite / João Victor Gonçalves Carline / Gilberto Coutinho Machado Filho / Saulo de Oliveira Lima

Journal of Bioenergy and Food Science, Vol 4, Iss 1, Pp 50-

2017 Volume 60

Abstract: Improper soil use leads to inefficient exploitation of natural resources, destruction of land resources, poverty and other social problems. Therefore, the objective of this study was execute a survey and soil classification of an area under pasture in a ... ...

Abstract	Improper soil use leads to inefficient exploitation of natural resources, destruction of land resources, poverty and other social problems. Therefore, the objective of this study was execute a survey and soil classification of an area under pasture in a farm in southern Tocantins. The area was divided according to the existing soil spots to perform the soil classification following the methodology of the Brazilian System of Soil Classification and its agricultural potential. At the studied area were found four soil classes, which were studied and classified as Plintossolo Argilúvico Distrófico petroplíntico, Cambissolo Háplico Tb Eutrófico, Latossolo Vermelho-Amarelo Distrófico típico and Gleissolo Melânico Ta Eutrófico with agricultural potential in the subgroups 1(a)bC, 4P, 1aBC and 3(bc), respectively. The terrain was underutilized, being used for pasture cultivation, at the same time it could be used for cultivation of annual plants.
Keywords	Soil ; Aptitude ; Fertility ; Agriculture ; S ; Nutrition. Foods and food supply ; TX341-641
Language	English
Publishing date	2017-04-01T00:00:00Z
Publisher	Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Amapá
Document type	Article ; Online
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