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  1. Konferenzbeitrag: An improved metadata schema to support data quality reporting in R

    Mariño, Joany / Kasbohm, Elisa / Struckmann, Stephan / Schmidt, Carsten Oliver

    2023  , Seite(n) Abstr. 233

    Veranstaltung/Kongress 68. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS); Heilbronn; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2023
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; metadata ; data quality ; FAIRness
    Erscheinungsdatum 2023-09-15
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/23gmds083
    Datenquelle German Medical Science

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    Fernleihe an ZB MED

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  2. Konferenzbeitrag: dataquieR 2.0 — Improved Functionality for Data Quality Reporting

    Struckmann, Stephan / Mariño, Joany / Kasbohm, Elisa / Schmidt, Carsten Oliver

    2023  , Seite(n) Abstr. 153

    Veranstaltung/Kongress 68. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS); Heilbronn; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2023
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; data quality analysis ; metadata ; FAIRness ; standards
    Erscheinungsdatum 2023-09-15
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/23gmds082
    Datenquelle German Medical Science

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  3. Konferenzbeitrag: Modularised Programming to Reduce Complexity and Enhance Reusability in Data Quality Assessments

    Struckmann, Stephan / Henke, Jörg / Schmidt, Carsten Oliver

    2022  , Seite(n) Abstr. 159

    Veranstaltung/Kongress 67. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 13. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V. (TMF); sine loco [digital]; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2022
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; data quality ; database ; data dictionary ; programming ; pipeline
    Erscheinungsdatum 2022-08-19
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/22gmds017
    Datenquelle German Medical Science

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  4. Konferenzbeitrag: Using parallelized computation in R to enable efficient data quality reporting

    Struckmann, Stephan / Richter, Adrian / Schmidt, Carsten Oliver

    2021  , Seite(n) Abstr. 407

    Veranstaltung/Kongress 65th Annual Meeting of the German Association for Medical Informatics, Biometry and Epidemiology (GMDS), Meeting of the Central European Network (CEN: German Region, Austro-Swiss Region and Polish Region) of the International Biometric Society (IBS); Berlin; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2020
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; data quality ; reporting ; computation
    Erscheinungsdatum 2021-02-26
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/20gmds237
    Datenquelle German Medical Science

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  5. Konferenzbeitrag: Qualityreporter – accessible harmonized data quality reporting in cohort studies

    Schmidt, Carsten Oliver / Struckmann, Stephan / Richter, Adrian / Schauer, Birgit

    2021  , Seite(n) Abstr. 211

    Veranstaltung/Kongress 66. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 12. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V. (TMF); sine loco [digital]; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2021
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; data quality ; reporting ; cohort studies
    Erscheinungsdatum 2021-09-24
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/21gmds101
    Datenquelle German Medical Science

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  6. Konferenzbeitrag: Using the web-based metadata repository OPAL and the R package dataquieR for quality assessments of the SHIP-COVID study

    Richter, Adrian / Struckmann, Stephan / Henke, Jörg / Schmidt, Carsten Oliver

    2021  , Seite(n) Abstr. 147

    Veranstaltung/Kongress 66. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 12. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V. (TMF); sine loco [digital]; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2021
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; Metadata repository ; R ; data quality
    Erscheinungsdatum 2021-09-24
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/21gmds028
    Datenquelle German Medical Science

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  7. Konferenzbeitrag: Introducing a data quality framework for data collections in observational health research

    Schmidt, Carsten Oliver / Struckmann, Stephan / Enzenbach, Cornelia / Richter, Adrian

    2021  , Seite(n) Abstr. 210

    Veranstaltung/Kongress 66. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 12. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V. (TMF); sine loco [digital]; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2021
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; data quality ; observational studies ; epidemiology
    Erscheinungsdatum 2021-09-24
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/21gmds100
    Datenquelle German Medical Science

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  8. Konferenzbeitrag: Insights from a scoping review on data quality assessments using R

    Kasbohm, Elisa / Mariño, Joany / Struckmann, Stephan / Kapsner, Lorenz / Schmidt, Carsten Oliver

    2022  , Seite(n) Abstr. 204

    Veranstaltung/Kongress 67. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 13. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V. (TMF); sine loco [digital]; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2022
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit
    Erscheinungsdatum 2022-08-19
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/22gmds022
    Datenquelle German Medical Science

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  9. Konferenzbeitrag: Adapting study IT to the changing tide of times in a population-based cohort study on its path to FAIRness – an application example

    Schmidt, Carsten Oliver / Struckmann, Stephan / Radke, Dörte / Richter, Adrian / Kasbohm, Elisa / Westphal, Susanne / Leddig, Torsten / Henke, Jörg

    2023  , Seite(n) Abstr. 327

    Veranstaltung/Kongress 68. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS); Heilbronn; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2023
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; cohort study ; software ; standards ; FAIR
    Erscheinungsdatum 2023-09-15
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/23gmds022
    Datenquelle German Medical Science

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  10. Artikel ; Online: Scoring functions for drug-effect similarity.

    Struckmann, Stephan / Ernst, Mathias / Fischer, Sarah / Mah, Nancy / Fuellen, Georg / Möller, Steffen

    Briefings in bioinformatics

    2020  Band 22, Heft 3

    Abstract: Motivation: The difficulty to find new drugs and bring them to the market has led to an increased interest to find new applications for known compounds. Biological samples from many disease contexts have been extensively profiled by transcriptomics, and, ...

    Abstract Motivation: The difficulty to find new drugs and bring them to the market has led to an increased interest to find new applications for known compounds. Biological samples from many disease contexts have been extensively profiled by transcriptomics, and, intuitively, this motivates to search for compounds with a reversing effect on the expression of characteristic disease genes. However, disease effects may be cell line-specific and also depend on other factors, such as genetics and environment. Transcription profile changes between healthy and diseased cells relate in complex ways to profile changes gathered from cell lines upon stimulation with a drug. Despite these differences, we expect that there will be some similarity in the gene regulatory networks at play in both situations. The challenge is to match transcriptomes for both diseases and drugs alike, even though the exact molecular pathology/pharmacogenomics may not be known.
    Results: We substitute the challenge to match a drug effect to a disease effect with the challenge to match a drug effect to the effect of the same drug at another concentration or in another cell line. This is welldefined, reproducible in vitro and in silico and extendable with external data. Based on the Connectivity Map (CMap) dataset, we combined 26 different similarity scores with six different heuristics to reduce the number of genes in the model. Such gene filters may also utilize external knowledge e.g. from biological networks. We found that no similarity score always outperforms all others for all drugs, but the Pearson correlation finds the same drug with the highest reliability. Results are improved by filtering for highly expressed genes and to a lesser degree for genes with large fold changes. Also a network-based reduction of contributing transcripts was beneficial, here implemented by the FocusHeuristics. We found no drop in prediction accuracy when reducing the whole transcriptome to the set of 1000 landmark genes of the CMap's successor project Library of Integrated Network-based Cellular Signatures. All source code to re-analyze and extend the CMap data, the source code of heuristics, filters and their evaluation are available to propel the development of new methods for drug repurposing.
    Availability: https://bitbucket.org/ibima/moldrugeffectsdb.
    Contact: steffen.moeller@uni-rostock.de.
    Supplementary information: Supplementary data are available at Briefings in Bioinformatics online.
    Mesh-Begriff(e) Computational Biology/methods ; Drug Repositioning ; Gene Expression Profiling ; Gene Regulatory Networks ; Pharmacogenetics ; Reproducibility of Results ; Structure-Activity Relationship ; Transcriptome
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-06-02
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't ; Review
    ZDB-ID 2068142-2
    ISSN 1477-4054 ; 1467-5463
    ISSN (online) 1477-4054
    ISSN 1467-5463
    DOI 10.1093/bib/bbaa072
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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