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  1. Buch: Medizininformatik

    Dugas, Martin

    ein Kompendium für Studium und Praxis

    2017  

    Verfasserangabe Martin Dugas
    Schlagwörter Medizininformatik ; Informationssysteme im Gesundheitswesen ; Elektronische Patientenakte ; Medizinische Terminologien ; Medizinische Bildverarbeitung ; Medizinische Informatik
    Schlagwörter Medizininformatik
    Thema/Rubrik (Code) 610
    Sprache Deutsch
    Umfang X, 259 Seiten, Illustrationen, 24 cm x 16.8 cm
    Verlag Springer Vieweg
    Erscheinungsort Berlin
    Erscheinungsland Deutschland
    Dokumenttyp Buch
    HBZ-ID HT019289316
    ISBN 978-3-662-53327-7 ; 9783662533284 ; 3-662-53327-8 ; 3662533286
    Datenquelle Katalog ZB MED Medizin, Gesundheit

    Zusatzmaterialien

    Kategorien

    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    SignaturLeihstatusStandort
    2017 A 957 ausleihbar (Lesesaal) Lesesaal EG

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  2. Artikel ; Online: Cogito: automated and generic comparison of annotated genomic intervals.

    Bürger, Annika / Dugas, Martin

    BMC bioinformatics

    2022  Band 23, Heft 1, Seite(n) 315

    Abstract: Background: Genetic and epigenetic biological studies often combine different types of experiments and multiple conditions. While the corresponding raw and processed data are made available through specialized public databases, the processed files are ... ...

    Abstract Background: Genetic and epigenetic biological studies often combine different types of experiments and multiple conditions. While the corresponding raw and processed data are made available through specialized public databases, the processed files are usually limited to a specific research question. Hence, they are unsuitable for an unbiased, systematic overview of a complex dataset. However, possible combinations of different sample types and conditions grow exponentially with the amount of sample types and conditions. Therefore the risk to miss a correlation or to overrate an identified correlation should be mitigated in a complex dataset. Since reanalysis of a full study is rarely a viable option, new methods are needed to address these issues systematically, reliably, reproducibly and efficiently.
    Results: Cogito "COmpare annotated Genomic Intervals TOol" provides a workflow for an unbiased, structured overview and systematic analysis of complex genomic datasets consisting of different data types (e.g. RNA-seq, ChIP-seq) and conditions. Cogito is able to visualize valuable key information of genomic or epigenomic interval-based data, thereby providing a straightforward analysis approach for comparing different conditions. It supports getting an unbiased impression of a dataset and developing an appropriate analysis strategy for it. In addition to a text-based report, Cogito offers a fully customizable report as a starting point for further in-depth investigation.
    Conclusions: Cogito implements a novel approach to facilitate high-level overview analyses of complex datasets, and offers additional insights into the data without the need for a full, time-consuming reanalysis. The R/Bioconductor package is freely available at https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Cogito.html , a comprehensive documentation with detailed descriptions and reproducible examples is included.
    Mesh-Begriff(e) Chromatin Immunoprecipitation Sequencing ; Epigenomics ; Genome ; Genomics ; Software
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-08-04
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2041484-5
    ISSN 1471-2105 ; 1471-2105
    ISSN (online) 1471-2105
    ISSN 1471-2105
    DOI 10.1186/s12859-022-04853-1
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  3. Artikel ; Online: Portal of Medical Data Models: Application in Federated Data Capture.

    Ganzinger, Matthias / Blumenstock, Max / Niklas, Christian / Dugas, Martin

    Studies in health technology and informatics

    2023  Band 302, Seite(n) 137–138

    Abstract: So far, the portal for medical data models allows its users to download medical forms in a standardized format. Importing data models into electronic data capture software involved a manual step of downloading and importing the files. Now, the portal was ...

    Abstract So far, the portal for medical data models allows its users to download medical forms in a standardized format. Importing data models into electronic data capture software involved a manual step of downloading and importing the files. Now, the portal was enhanced with a web services interface to allow electronic data capture systems to automatically download the forms. This mechanism can be used in federated studies to ensure that all partners are working with identical definitions of study forms.
    Mesh-Begriff(e) User-Computer Interface ; Software ; Records
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-05-19
    Erscheinungsland Netherlands
    Dokumenttyp Journal Article
    ISSN 1879-8365
    ISSN (online) 1879-8365
    DOI 10.3233/SHTI230084
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  4. Buch: Medizinische Informatik und Bioinformatik

    Dugas, Martin / Schmidt, Karin

    ein Kompendium für Studium und Praxis ; mit 21 Tabellen

    (Springer-Lehrbuch)

    2003  

    Verfasserangabe Martin Dugas ; Karin Schmidt
    Serientitel Springer-Lehrbuch
    Schlagwörter Medizinische Informatik ; Bioinformatik
    Schlagwörter Medizininformatik
    Sprache Deutsch
    Umfang VIII, 229 S. : Ill., graph. Darst.
    Verlag Springer
    Erscheinungsort Berlin u.a.
    Erscheinungsland Deutschland
    Dokumenttyp Buch
    HBZ-ID HT013428691
    ISBN 3-540-42568-3 ; 978-3-540-42568-7
    Datenquelle Katalog ZB MED Medizin, Gesundheit

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    SignaturLeihstatusStandort
    2002 A 5175 bestellbar zur Ausleihe Magazin

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  5. Buch ; Dissertation / Habilitation: Entwicklung einer computergestützten Ganzzell- und Einzelkanal-Analyse zur Untersuchung der Veratridin-Modifikation des myokardialen Natrium-Kanals

    Dugas, Martin

    1994  

    Verfasserangabe Martin Dugas
    Sprache Deutsch
    Umfang 121 S. : Ill., graph. Darst.
    Dokumenttyp Buch ; Dissertation / Habilitation
    Dissertation / Habilitation München, Techn. Univ., Diss., 1994
    HBZ-ID HT006387264
    Datenquelle Katalog ZB MED Medizin, Gesundheit

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    SignaturLeihstatusStandort
    94 E 1747 bestellbar zur Ausleihe Magazin

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  6. Artikel ; Online: Cogito

    Annika Bürger / Martin Dugas

    BMC Bioinformatics, Vol 23, Iss 1, Pp 1-

    automated and generic comparison of annotated genomic intervals

    2022  Band 16

    Abstract: Abstract Background Genetic and epigenetic biological studies often combine different types of experiments and multiple conditions. While the corresponding raw and processed data are made available through specialized public databases, the processed ... ...

    Abstract Abstract Background Genetic and epigenetic biological studies often combine different types of experiments and multiple conditions. While the corresponding raw and processed data are made available through specialized public databases, the processed files are usually limited to a specific research question. Hence, they are unsuitable for an unbiased, systematic overview of a complex dataset. However, possible combinations of different sample types and conditions grow exponentially with the amount of sample types and conditions. Therefore the risk to miss a correlation or to overrate an identified correlation should be mitigated in a complex dataset. Since reanalysis of a full study is rarely a viable option, new methods are needed to address these issues systematically, reliably, reproducibly and efficiently. Results Cogito “COmpare annotated Genomic Intervals TOol” provides a workflow for an unbiased, structured overview and systematic analysis of complex genomic datasets consisting of different data types (e.g. RNA-seq, ChIP-seq) and conditions. Cogito is able to visualize valuable key information of genomic or epigenomic interval-based data, thereby providing a straightforward analysis approach for comparing different conditions. It supports getting an unbiased impression of a dataset and developing an appropriate analysis strategy for it. In addition to a text-based report, Cogito offers a fully customizable report as a starting point for further in-depth investigation. Conclusions Cogito implements a novel approach to facilitate high-level overview analyses of complex datasets, and offers additional insights into the data without the need for a full, time-consuming reanalysis. The R/Bioconductor package is freely available at https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Cogito.html , a comprehensive documentation with detailed descriptions and reproducible examples is included.
    Schlagwörter Correlation ; Statistics ; Genomic interval ; Reproducible data analysis ; Data integration ; Computer applications to medicine. Medical informatics ; R858-859.7 ; Biology (General) ; QH301-705.5
    Thema/Rubrik (Code) 004
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-08-01T00:00:00Z
    Verlag BMC
    Dokumenttyp Artikel ; Online
    Datenquelle BASE - Bielefeld Academic Search Engine (Lebenswissenschaftliche Auswahl)

    Volltext online

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  7. Artikel ; Online: Sharing clinical trial data.

    Dugas, Martin

    Lancet (London, England)

    2016  Band 387, Heft 10035, Seite(n) 2287

    Mesh-Begriff(e) Advisory Committees ; Clinical Trials as Topic ; Editorial Policies ; Humans ; Information Dissemination/methods
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2016-06-04
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Comment ; Letter
    ZDB-ID 3306-6
    ISSN 1474-547X ; 0023-7507 ; 0140-6736
    ISSN (online) 1474-547X
    ISSN 0023-7507 ; 0140-6736
    DOI 10.1016/S0140-6736(16)30683-3
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Volltext online

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Ua VI Zs.5: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 2021: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MG 94: Hefte anzeigen

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  8. Artikel ; Online: Differential transcript usage analysis of bulk and single-cell RNA-seq data with DTUrtle.

    Tekath, Tobias / Dugas, Martin

    Bioinformatics (Oxford, England)

    2021  Band 37, Heft 21, Seite(n) 3781–3787

    Abstract: Motivation: Each year, the number of published bulk and single-cell RNA-seq datasets is growing exponentially. Studies analyzing such data are commonly looking at gene-level differences, while the collected RNA-seq data inherently represents reads of ... ...

    Abstract Motivation: Each year, the number of published bulk and single-cell RNA-seq datasets is growing exponentially. Studies analyzing such data are commonly looking at gene-level differences, while the collected RNA-seq data inherently represents reads of transcript isoform sequences. Utilizing transcriptomic quantifiers, RNA-seq reads can be attributed to specific isoforms, allowing for analysis of transcript-level differences. A differential transcript usage (DTU) analysis is testing for proportional differences in a gene's transcript composition, and has been of rising interest for many research questions, such as analysis of differential splicing or cell-type identification.
    Results: We present the R package DTUrtle, the first DTU analysis workflow for both bulk and single-cell RNA-seq datasets, and the first package to conduct a 'classical' DTU analysis in a single-cell context. DTUrtle extends established statistical frameworks, offers various result aggregation and visualization options and a novel detection probability score for tagged-end data. It has been successfully applied to bulk and single-cell RNA-seq data of human and mouse, confirming and extending key results. In addition, we present novel potential DTU applications like the identification of cell-type specific transcript isoforms as biomarkers.
    Availability and implementation: The R package DTUrtle is available at https://github.com/TobiTekath/DTUrtle with extensive vignettes and documentation at https://tobitekath.github.io/DTUrtle/.
    Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
    Mesh-Begriff(e) Humans ; Animals ; Mice ; Single-Cell Gene Expression Analysis ; Sequence Analysis, RNA/methods ; Gene Expression Profiling/methods ; Transcriptome ; Protein Isoforms
    Chemische Substanzen Protein Isoforms
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-06-13
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 1422668-6
    ISSN 1367-4811 ; 1367-4803
    ISSN (online) 1367-4811
    ISSN 1367-4803
    DOI 10.1093/bioinformatics/btab629
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 2374: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  9. Artikel ; Online: Design of case report forms based on a public metadata registry: re-use of data elements to improve compatibility of data.

    Dugas, Martin

    Trials

    2016  Band 17, Heft 1, Seite(n) 566

    Abstract: Background: Clinical trials use many case report forms (CRFs) per patient. Because of the astronomical number of potential CRFs, data element re-use at the design stage is attractive to foster compatibility of data from different trials. The objective ... ...

    Abstract Background: Clinical trials use many case report forms (CRFs) per patient. Because of the astronomical number of potential CRFs, data element re-use at the design stage is attractive to foster compatibility of data from different trials. The objective of this work is to assess the technical feasibility of a CRF editor with connection to a public metadata registry (MDR) to support data element re-use.
    Results: Based on the Medical Data Models portal, an ISO/IEC 11179-compliant MDR was implemented and connected to a web-based CRF editor. Three use cases were implemented: re-use at the form, item group and data element levels.
    Conclusions: CRF design with data element re-use from a public MDR is feasible. A prototypic system is available. The main limitation of the system is the amount of available MDR content.
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2016-11-29
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2040523-6
    ISSN 1745-6215 ; 1468-6694 ; 1468-6708
    ISSN (online) 1745-6215 ; 1468-6694
    ISSN 1468-6708
    DOI 10.1186/s13063-016-1691-8
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  10. Konferenzbeitrag: A step toward anonymized medical image pipeline

    Naderi Boldaji, Hamidreza / Fritz-Kebede, Fleur / Dugas, Martin

    2023  , Seite(n) Abstr. 119

    Veranstaltung/Kongress 68. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS); Heilbronn; Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie; 2023
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; anonymization ; DICOM ; pipeline
    Erscheinungsdatum 2023-09-15
    Verlag German Medical Science GMS Publishing House; Düsseldorf
    Dokumenttyp Konferenzbeitrag
    DOI 10.3205/23gmds166
    Datenquelle German Medical Science

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