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  1. Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation: Tailoring bioinformatics methods for studying the challenges in 16S rRNA gene sequencing data analysis

    Matchado, Monica Steffi [Verfasser] / Baumbach, Jan [Akademischer Betreuer] / Haller, Dirk [Gutachter] / Baumbach, Jan [Gutachter]

    2024  

    Verfasserangabe Monica Steffi Matchado ; Gutachter: Dirk Haller, Jan Baumbach ; Betreuer: Jan Baumbach
    Schlagwörter Naturwissenschaften ; Science
    Thema/Rubrik (Code) sg500
    Sprache Englisch
    Verlag Universitätsbibliothek der TU München
    Erscheinungsort München
    Dokumenttyp Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation
    Datenquelle Digitale Dissertationen im Internet

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  2. Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation: Leveraging policy setting, impact measurement and privacy technology for an increased implementation of Artificial Intelligence in healthcare

    Wolff, Justus Richard [Verfasser] / Baumbach, Jan [Akademischer Betreuer] / Frischmann, Dimitri [Gutachter] / Baumbach, Jan [Gutachter]

    2023  

    Verfasserangabe Justus Richard Wolff ; Gutachter: Dimitri Frischmann, Jan Baumbach ; Betreuer: Jan Baumbach
    Schlagwörter Wirtschaft ; Economics
    Thema/Rubrik (Code) sg330
    Sprache Englisch
    Verlag Universitätsbibliothek der TU München
    Erscheinungsort München
    Dokumenttyp Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation
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  3. Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation: A network-based, multi-omics integration framework for Alzheimer's disease

    Ulmer geb. Wörheide, Maria Anna Verfasser] / Baumbach, Jan [Akademischer Betreuer] / [Suhre, Karsten [Gutachter] / Baumbach, Jan [Gutachter]

    2023  

    Verfasserangabe Maria Anna Ulmer geb. Wörheide ; Gutachter: Karsten Suhre, Jan Baumbach ; Betreuer: Jan Baumbach
    Schlagwörter Technische Chemie ; Technical Chemistry
    Thema/Rubrik (Code) sg660
    Sprache Englisch
    Verlag Universitätsbibliothek der TU München
    Erscheinungsort München
    Dokumenttyp Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation
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  4. Artikel: KeyPathwayMineR:

    Mechteridis, Konstantinos / Lauber, Michael / Baumbach, Jan / List, Markus

    Frontiers in genetics

    2022  Band 12, Seite(n) 812853

    Abstract: ... De ... ...

    Abstract De novo
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-01-31
    Erscheinungsland Switzerland
    Dokumenttyp Journal Article ; Review
    ZDB-ID 2606823-0
    ISSN 1664-8021
    ISSN 1664-8021
    DOI 10.3389/fgene.2021.812853
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  5. Artikel ; Online: Network-based approaches for modeling disease regulation and progression

    Galindez, Gihanna / Sadegh, Sepideh / Baumbach, Jan / Kacprowski, Tim / List, Markus

    Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023, v. 21 p.780-795

    2023  

    Abstract: Molecular interaction networks lay the foundation for studying how biological functions are controlled by the complex interplay of genes and proteins. Investigating perturbed processes using biological networks has been instrumental in uncovering ... ...

    Abstract Molecular interaction networks lay the foundation for studying how biological functions are controlled by the complex interplay of genes and proteins. Investigating perturbed processes using biological networks has been instrumental in uncovering mechanisms that underlie complex disease phenotypes. Rapid advances in omics technologies have prompted the generation of high-throughput datasets, enabling large-scale, network-based analyses. Consequently, various modeling techniques, including network enrichment, differential network extraction, and network inference, have proven to be useful for gaining new mechanistic insights. We provide an overview of recent network-based methods and their core ideas to facilitate the discovery of disease modules or candidate mechanisms. Knowledge generated from these computational efforts will benefit biomedical research, especially drug development and precision medicine. We further discuss current challenges and provide perspectives in the field, highlighting the need for more integrative and dynamic network approaches to model disease development and progression.
    Schlagwörter biomedical research ; biotechnology ; data collection ; drug development ; precision medicine ; Network enrichment ; Network inference ; Disease modeling ; Network medidince ; Systems medicine
    Sprache Englisch
    Umfang p. 780-795.
    Erscheinungsort Elsevier B.V.
    Dokumenttyp Artikel ; Online
    Anmerkung Use and reproduction
    ZDB-ID 2694435-2
    ISSN 2001-0370
    ISSN 2001-0370
    DOI 10.1016/j.csbj.2022.12.022
    Datenquelle NAL Katalog (AGRICOLA)

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  6. Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation: Computational Methods for Single-Cell Network Biology Analysis

    Oubounyt, Mhaned [Verfasser] / Baumbach, Jan [Akademischer Betreuer]

    2023  

    Verfasserangabe Mhaned Oubounyt ; Betreuer: Jan Baumbach
    Schlagwörter Biowissenschaften, Biologie ; Life Science, Biology
    Thema/Rubrik (Code) sg570
    Sprache Englisch
    Verlag Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg Carl von Ossietzky
    Erscheinungsort Hamburg
    Dokumenttyp Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation
    Datenquelle Digitale Dissertationen im Internet

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  7. Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation: Privacy-aware Artificial Intelligence in Systems Medicine

    Matschinske, Julian Oskar [Verfasser] / Baumbach, Jan [Akademischer Betreuer]

    2023  

    Verfasserangabe Julian Oskar Matschinske ; Betreuer: Jan Baumbach
    Schlagwörter Medizin, Gesundheit ; Medicine, Health
    Thema/Rubrik (Code) sg610
    Sprache Englisch
    Verlag Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg Carl von Ossietzky
    Erscheinungsort Hamburg
    Dokumenttyp Buch ; Online ; Dissertation / Habilitation
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  8. Artikel ; Online: Success Factors of Artificial Intelligence Implementation in Healthcare.

    Wolff, Justus / Pauling, Josch / Keck, Andreas / Baumbach, Jan

    Frontiers in digital health

    2021  Band 3, Seite(n) 594971

    Abstract: Background: ...

    Abstract Background:
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-06-16
    Erscheinungsland Switzerland
    Dokumenttyp Journal Article
    ISSN 2673-253X
    ISSN (online) 2673-253X
    DOI 10.3389/fdgth.2021.594971
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  9. Artikel ; Online: De-novo

    Oubounyt, Mhaned / Elkjaer, Maria L / Laske, Tanja / Grønning, Alexander G B / Moeller, Marcus J / Baumbach, Jan

    NAR genomics and bioinformatics

    2023  Band 5, Heft 1, Seite(n) lqad018

    Abstract: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technology provides an unprecedented opportunity to understand gene functions and interactions at single-cell resolution. While computational tools for scRNA-seq data analysis to decipher differential gene ... ...

    Abstract Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technology provides an unprecedented opportunity to understand gene functions and interactions at single-cell resolution. While computational tools for scRNA-seq data analysis to decipher differential gene expression profiles and differential pathway expression exist, we still lack methods to learn differential regulatory disease mechanisms directly from the single-cell data. Here, we provide a new methodology, named DiNiro, to unravel such mechanisms
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-03-03
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ISSN 2631-9268
    ISSN (online) 2631-9268
    DOI 10.1093/nargab/lqad018
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  10. Artikel: Network-based approaches for modeling disease regulation and progression.

    Galindez, Gihanna / Sadegh, Sepideh / Baumbach, Jan / Kacprowski, Tim / List, Markus

    Computational and structural biotechnology journal

    2022  Band 21, Seite(n) 780–795

    Abstract: Molecular interaction networks lay the foundation for studying how biological functions are controlled by the complex interplay of genes and proteins. Investigating perturbed processes using biological networks has been instrumental in uncovering ... ...

    Abstract Molecular interaction networks lay the foundation for studying how biological functions are controlled by the complex interplay of genes and proteins. Investigating perturbed processes using biological networks has been instrumental in uncovering mechanisms that underlie complex disease phenotypes. Rapid advances in omics technologies have prompted the generation of high-throughput datasets, enabling large-scale, network-based analyses. Consequently, various modeling techniques, including network enrichment, differential network extraction, and network inference, have proven to be useful for gaining new mechanistic insights. We provide an overview of recent network-based methods and their core ideas to facilitate the discovery of disease modules or candidate mechanisms. Knowledge generated from these computational efforts will benefit biomedical research, especially drug development and precision medicine. We further discuss current challenges and provide perspectives in the field, highlighting the need for more integrative and dynamic network approaches to model disease development and progression.
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-12-16
    Erscheinungsland Netherlands
    Dokumenttyp Journal Article ; Review
    ZDB-ID 2694435-2
    ISSN 2001-0370
    ISSN 2001-0370
    DOI 10.1016/j.csbj.2022.12.022
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