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  1. Artikel ; Online: expam-high-resolution analysis of metagenomes using distance trees.

    Solari, Sean M / Young, Remy B / Marcelino, Vanessa R / Forster, Samuel C

    Bioinformatics (Oxford, England)

    2022  Band 38, Heft 20, Seite(n) 4814–4816

    Abstract: Summary: Shotgun metagenomic sequencing provides the capacity to understand microbial community structure and function at unprecedented resolution; however, the current analytical methods are constrained by a focus on taxonomic classifications that may ... ...

    Abstract Summary: Shotgun metagenomic sequencing provides the capacity to understand microbial community structure and function at unprecedented resolution; however, the current analytical methods are constrained by a focus on taxonomic classifications that may obfuscate functional relationships. Here, we present expam, a tree-based, taxonomy agnostic tool for the identification of biologically relevant clades from shotgun metagenomic sequencing.
    Availability and implementation: expam is an open-source Python application released under the GNU General Public Licence v3.0. expam installation instructions, source code and tutorials can be found at https://github.com/seansolari/expam.
    Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
    Mesh-Begriff(e) Metagenome ; Metagenomics/methods ; Microbiota/genetics ; Software
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-08-27
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 1422668-6
    ISSN 1367-4811 ; 1367-4803
    ISSN (online) 1367-4811
    ISSN 1367-4803
    DOI 10.1093/bioinformatics/btac591
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Zusatzmaterialien

    Kategorien

    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 2374: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  2. Artikel ; Online: Bacterial clade-specific analysis identifies distinct epithelial responses in inflammatory bowel disease.

    D'Adamo, Gemma L / Chonwerawong, Michelle / Gearing, Linden J / Marcelino, Vanessa R / Gould, Jodee A / Rutten, Emily L / Solari, Sean M / Khoo, Patricia W R / Wilson, Trevor J / Thomason, Tamblyn / Gulliver, Emily L / Hertzog, Paul J / Giles, Edward M / Forster, Samuel C

    Cell reports. Medicine

    2023  Band 4, Heft 7, Seite(n) 101124

    Abstract: Abnormal immune responses to the resident gut microbiome can drive inflammatory bowel disease (IBD). Here, we combine high-resolution, culture-based shotgun metagenomic sequencing and analysis with matched host transcriptomics across three intestinal ... ...

    Abstract Abnormal immune responses to the resident gut microbiome can drive inflammatory bowel disease (IBD). Here, we combine high-resolution, culture-based shotgun metagenomic sequencing and analysis with matched host transcriptomics across three intestinal sites (terminal ileum, cecum, rectum) from pediatric IBD (PIBD) patients (n = 58) and matched controls (n = 42) to investigate this relationship. Combining our site-specific approach with bacterial culturing, we establish a cohort-specific bacterial culture collection, comprising 6,620 isolates (170 distinct species, 32 putative novel), cultured from 286 mucosal biopsies. Phylogeny-based, clade-specific metagenomic analysis identifies key, functionally distinct Enterococcus clades associated with either IBD or health. Strain-specific in vitro validation demonstrates differences in cell cytotoxicity and inflammatory signaling in intestinal epithelial cells, consistent with the colonic mucosa-specific response measured in patients with IBD. This demonstrates the importance of strain-specific phenotypes and consideration of anatomical sites in exploring the dysregulated host-bacterial interactions in IBD.
    Mesh-Begriff(e) Humans ; Inflammatory Bowel Diseases/genetics ; Colon/pathology ; Biopsy ; Intestinal Mucosa/microbiology ; Epithelial Cells/pathology
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-07-19
    Erscheinungsland United States
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ISSN 2666-3791
    ISSN (online) 2666-3791
    DOI 10.1016/j.xcrm.2023.101124
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Zusatzmaterialien

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    Fernleihe an ZB MED

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  3. Artikel ; Online: Extensive genome analysis identifies novel plasmid families in

    Gulliver, Emily L / Adams, Vicki / Marcelino, Vanessa Rossetto / Gould, Jodee / Rutten, Emily L / Powell, David R / Young, Remy B / D'Adamo, Gemma L / Hemphill, Jamia / Solari, Sean M / Revitt-Mills, Sarah A / Munn, Samantha / Jirapanjawat, Thanavit / Greening, Chris / Boer, Jennifer C / Flanagan, Katie L / Kaldhusdal, Magne / Plebanski, Magdalena / Gibney, Katherine B /
    Moore, Robert J / Rood, Julian I / Forster, Samuel C

    Microbial genomics

    2023  Band 9, Heft 4

    Abstract: Globally, the anaerobic ... ...

    Abstract Globally, the anaerobic bacterium
    Mesh-Begriff(e) Humans ; Clostridium perfringens ; Bacterial Toxins/genetics ; Phylogeny ; Base Composition ; Sequence Analysis, DNA ; RNA, Ribosomal, 16S ; Plasmids/genetics
    Chemische Substanzen Bacterial Toxins ; RNA, Ribosomal, 16S
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-04-20
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 2835258-0
    ISSN 2057-5858 ; 2057-5858
    ISSN (online) 2057-5858
    ISSN 2057-5858
    DOI 10.1099/mgen.0.000995
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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