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  1. Artikel: Whole-Genome Sequencing of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing

    Kurittu, Paula / Khakipoor, Banafsheh / Jalava, Jari / Karhukorpi, Jari / Heikinheimo, Annamari

    Frontiers in microbiology

    2022  Band 12, Seite(n) 789280

    Abstract: Antimicrobial resistance (AMR) is a growing concern in public health, particularly for the clinically relevant extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) and AmpC-producing Enterobacteriaceae. Studies describing ESBL- ... ...

    Abstract Antimicrobial resistance (AMR) is a growing concern in public health, particularly for the clinically relevant extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) and AmpC-producing Enterobacteriaceae. Studies describing ESBL-producing
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2022-01-04
    Erscheinungsland Switzerland
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2587354-4
    ISSN 1664-302X
    ISSN 1664-302X
    DOI 10.3389/fmicb.2021.789280
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  2. Artikel ; Online: Increasing proportions of extended-spectrum β-lactamase-producing isolates among

    Ilmavirta, Heikki / Ollgren, Jukka / Räisänen, Kati / Kinnunen, Tuure / Hakanen, Antti J / Jalava, Jari / Lyytikäinen, Outi

    Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin

    2023  Band 28, Heft 43

    Abstract: ... ...

    Abstract Background
    Mesh-Begriff(e) Female ; Male ; Humans ; Escherichia coli ; Finland/epidemiology ; Sepsis ; Escherichia coli Infections/epidemiology ; beta-Lactamases ; Anti-Infective Agents
    Chemische Substanzen beta-Lactamases (EC 3.5.2.6) ; Anti-Infective Agents
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-10-26
    Erscheinungsland Sweden
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 1338803-4
    ISSN 1560-7917 ; 1025-496X
    ISSN (online) 1560-7917
    ISSN 1025-496X
    DOI 10.2807/1560-7917.ES.2023.28.43.2200934
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 5066: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 1994: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  3. Artikel ; Online: Rapid detection of bacterial infection using a novel single-tube, four-colour flow cytometric method: Comparison with PCT and CRP.

    Nuutila, Jari / Hohenthal, Ulla / Oksi, Jarmo / Jalava-Karvinen, Päivi

    EBioMedicine

    2021  Band 74, Seite(n) 103724

    Abstract: Background: A key factor behind the unnecessary use of antibiotics is the lack of rapid and accurate diagnostic tests. In this study, we developed a novel and fast flow cytometric single-tube method to detect bacterial infections within 30 minutes.: ... ...

    Abstract Background: A key factor behind the unnecessary use of antibiotics is the lack of rapid and accurate diagnostic tests. In this study, we developed a novel and fast flow cytometric single-tube method to detect bacterial infections within 30 minutes.
    Methods: Quantitative flow cytometric four-colour analysis of host biomarkers CD35, CD64, CD329, and MHC class I expression on neutrophils and lymphocytes was performed on samples taken from 841 febrile patients with suspected infection. Obtained data was incorporated into the four-colour bacterial infection (FCBI)-index, using the developed bacterial infection algorithm.
    Findings: In distinguishing between microbiologically confirmed bacterial (n = 193) and viral (n = 291) infections, the FCBI-index method was superior to serum C-reactive protein (CRP) and procalcitonin (PCT). In 269 confirmed viral respiratory tract infections, 43% (95% CI: 37-49%) of the patients had an increased FCBI-index, suggesting probable bacterial coinfection.
    Interpretation: The proposed FCBI-index test might be a potent additional tool when assessing appropriateness of empiric antibiotic treatment.
    Funding: This study has been financially supported by Turku University Hospital (Turku, Finland) and The Finnish Medical Foundation.
    Mesh-Begriff(e) Algorithms ; Bacterial Infections/blood ; Bacterial Infections/diagnosis ; Diagnosis, Differential ; Diagnostic Tests, Routine ; Early Diagnosis ; Female ; Finland ; Flow Cytometry/instrumentation ; Flow Cytometry/methods ; Humans ; Male ; Procalcitonin/blood ; Receptors, Immunologic/blood ; Respiratory Tract Infections/blood ; Respiratory Tract Infections/virology ; Sensitivity and Specificity ; Virus Diseases/blood ; Virus Diseases/diagnosis
    Chemische Substanzen CRP protein, human ; Procalcitonin ; Receptors, Immunologic
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-11-26
    Erscheinungsland Netherlands
    Dokumenttyp Comparative Study ; Journal Article
    ZDB-ID 2851331-9
    ISSN 2352-3964
    ISSN (online) 2352-3964
    DOI 10.1016/j.ebiom.2021.103724
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 7090: Hefte anzeigen Standort:
    Je nach Verfügbarkeit (siehe Angabe bei Bestand)
    bis Jg. 2021: Bestellungen von Artikeln über das Online-Bestellformular
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)

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  4. Artikel ; Online: Particulate matter from car exhaust alters function of human iPSC-derived microglia.

    Jäntti, Henna / Jonk, Steffi / Gómez Budia, Mireia / Ohtonen, Sohvi / Fagerlund, Ilkka / Fazaludeen, Mohammad Feroze / Aakko-Saksa, Päivi / Pebay, Alice / Lehtonen, Šárka / Koistinaho, Jari / Kanninen, Katja M / Jalava, Pasi I / Malm, Tarja / Korhonen, Paula

    Particle and fibre toxicology

    2024  Band 21, Heft 1, Seite(n) 6

    Abstract: Background: Air pollution is recognized as an emerging environmental risk factor for neurological diseases. Large-scale epidemiological studies associate traffic-related particulate matter (PM) with impaired cognitive functions and increased incidence ... ...

    Abstract Background: Air pollution is recognized as an emerging environmental risk factor for neurological diseases. Large-scale epidemiological studies associate traffic-related particulate matter (PM) with impaired cognitive functions and increased incidence of neurodegenerative diseases such as Alzheimer's disease. Inhaled components of PM may directly invade the brain via the olfactory route, or act through peripheral system responses resulting in inflammation and oxidative stress in the brain. Microglia are the immune cells of the brain implicated in the progression of neurodegenerative diseases. However, it remains unknown how PM affects live human microglia.
    Results: Here we show that two different PMs derived from exhausts of cars running on EN590 diesel or compressed natural gas (CNG) alter the function of human microglia-like cells in vitro. We exposed human induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived microglia-like cells (iMGLs) to traffic related PMs and explored their functional responses. Lower concentrations of PMs ranging between 10 and 100 µg ml
    Conclusions: Our study indicates that traffic-related air pollutants alter the function of human microglia and warrant further studies to determine whether these changes contribute to adverse effects in the brain and on cognition over time. This study demonstrates human iPSC-microglia as a valuable tool to study functional microglial responses to environmental agents.
    Mesh-Begriff(e) Humans ; Particulate Matter/toxicity ; Particulate Matter/analysis ; Microglia/chemistry ; Induced Pluripotent Stem Cells/chemistry ; Automobiles ; Reactive Oxygen Species ; Vehicle Emissions/toxicity ; Vehicle Emissions/analysis ; Neurodegenerative Diseases
    Chemische Substanzen Particulate Matter ; Reactive Oxygen Species ; Vehicle Emissions
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2024-02-15
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2170936-1
    ISSN 1743-8977 ; 1743-8977
    ISSN (online) 1743-8977
    ISSN 1743-8977
    DOI 10.1186/s12989-024-00564-y
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  5. Artikel ; Online: Rapid detection of bacterial infection using a novel single-tube, four-colour flow cytometric method

    Jari Nuutila / Ulla Hohenthal / Jarmo Oksi / Päivi Jalava-Karvinen

    EBioMedicine, Vol 74, Iss , Pp 103724- (2021)

    Comparison with PCT and CRP

    2021  

    Abstract: ABSTRACT: Background: A key factor behind the unnecessary use of antibiotics is the lack of rapid and accurate diagnostic tests. In this study, we developed a novel and fast flow cytometric single-tube method to detect bacterial infections within 30 ... ...

    Abstract ABSTRACT: Background: A key factor behind the unnecessary use of antibiotics is the lack of rapid and accurate diagnostic tests. In this study, we developed a novel and fast flow cytometric single-tube method to detect bacterial infections within 30 minutes. Methods: Quantitative flow cytometric four-colour analysis of host biomarkers CD35, CD64, CD329, and MHC class I expression on neutrophils and lymphocytes was performed on samples taken from 841 febrile patients with suspected infection. Obtained data was incorporated into the four-colour bacterial infection (FCBI)-index, using the developed bacterial infection algorithm. Findings: In distinguishing between microbiologically confirmed bacterial (n = 193) and viral (n = 291) infections, the FCBI-index method was superior to serum C-reactive protein (CRP) and procalcitonin (PCT). In 269 confirmed viral respiratory tract infections, 43% (95% CI: 37–49%) of the patients had an increased FCBI-index, suggesting probable bacterial coinfection. Interpretation: The proposed FCBI-index test might be a potent additional tool when assessing appropriateness of empiric antibiotic treatment. Funding: This study has been financially supported by Turku University Hospital (Turku, Finland) and The Finnish Medical Foundation.
    Schlagwörter Flow cytometry ; Host biomarker ; Differential diagnostic ; Bacterial infection ; Viral infection ; Medicine ; R ; Medicine (General) ; R5-920
    Thema/Rubrik (Code) 610
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2021-12-01T00:00:00Z
    Verlag Elsevier
    Dokumenttyp Artikel ; Online
    Datenquelle BASE - Bielefeld Academic Search Engine (Lebenswissenschaftliche Auswahl)

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  6. Artikel: Genomic epidemiology of nosocomial carbapenemase-producing

    Heljanko, Viivi / Johansson, Venla / Räisänen, Kati / Anttila, Veli-Jukka / Lyytikäinen, Outi / Jalava, Jari / Weijo, Irma / Lehtinen, Jaana-Marija / Lehto, Kirsi-Maarit / Lipponen, Anssi / Oikarinen, Sami / Pitkänen, Tarja / Heikinheimo, Annamari

    Frontiers in microbiology

    2023  Band 14, Seite(n) 1165751

    Abstract: Multi-drug resistance is emerging ... ...

    Abstract Multi-drug resistance is emerging in
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2023-05-26
    Erscheinungsland Switzerland
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 2587354-4
    ISSN 1664-302X
    ISSN 1664-302X
    DOI 10.3389/fmicb.2023.1165751
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  7. Artikel ; Online: Evaluation of two commercial carbapenemase gene assays, the Rapidec Carba NP test and the in-house Rapid Carba NP test, on bacterial cultures.

    Österblad, Monica / Lindholm, Laura / Jalava, Jari

    The Journal of antimicrobial chemotherapy

    2016  Band 71, Heft 7, Seite(n) 2057–2059

    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2016-07
    Erscheinungsland England
    Dokumenttyp Letter
    ZDB-ID 191709-2
    ISSN 1460-2091 ; 0305-7453
    ISSN (online) 1460-2091
    ISSN 0305-7453
    DOI 10.1093/jac/dkw077
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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    Zs.A 1197: Hefte anzeigen Standort:
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    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (1.OG)
    ab Jg. 2022: Lesesaal (EG)
    Zs.MO 124: Hefte anzeigen

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  8. Artikel ; Online: A single-tube two-color flow cytometric method for distinguishing between febrile bacterial and viral infections.

    Nuutila, Jari / Hohenthal, Ulla / Oksi, Jarmo / Jalava-Karvinen, Päivi

    Journal of microbiological methods

    2018  Band 152, Seite(n) 61–68

    Abstract: The aim of this study was to develop a rapid single-tube two-color flow cytometric method to distinguish between febrile bacterial and viral infections. In this prospective comparative study, the quantitative flow cytometric analysis of CD35 and CD64 on ... ...

    Abstract The aim of this study was to develop a rapid single-tube two-color flow cytometric method to distinguish between febrile bacterial and viral infections. In this prospective comparative study, the quantitative flow cytometric analysis of CD35 and CD64 on isolated human leukocytes was obtained from 286 hospitalized febrile patients, of which 197 patients were found to have either a bacterial (n = 136) or viral (n = 61) infection. The data from infected patients was compared to 49 healthy controls and 23 patients in an inflammatory state. We developed a flow cytometric marker for bacterial infections, defined as the two-color bacterial infection index (TC-BI-index), by incorporating the quantitative analysis of CD35 and CD64 on isolated neutrophils, monocytes, and B-lymphocytes, which displayed 90% sensitivity and specificity in distinguishing between microbiologically confirmed bacterial (n = 77) and viral infections (n = 61) within 45 min. We propose that TC-BI-index test will be useful in assisting physicians to ascertain whether antibiotic treatment is required, thus limiting unnecessary antimicrobial usage.
    Mesh-Begriff(e) B-Lymphocytes/immunology ; Bacterial Infections/diagnosis ; Biomarkers ; Diagnostic Tests, Routine/methods ; Fever/microbiology ; Fever/virology ; Flow Cytometry/methods ; Humans ; Leukocytes/immunology ; Monocytes/immunology ; Neutrophils/immunology ; Prospective Studies ; Receptors, Cell Surface/analysis ; Receptors, Complement 3b ; Receptors, IgG ; Sensitivity and Specificity ; Virus Diseases/diagnosis
    Chemische Substanzen Biomarkers ; Receptors, Cell Surface ; Receptors, Complement 3b ; Receptors, IgG
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2018-07-29
    Erscheinungsland Netherlands
    Dokumenttyp Journal Article ; Research Support, Non-U.S. Gov't
    ZDB-ID 604916-3
    ISSN 1872-8359 ; 0167-7012
    ISSN (online) 1872-8359
    ISSN 0167-7012
    DOI 10.1016/j.mimet.2018.07.015
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

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  9. Artikel ; Online: Emergence of ceftazidime-avibactam-resistant

    Räisänen, Kati / Koivula, Irma / Ilmavirta, Heikki / Puranen, Santeri / Kallonen, Teemu / Lyytikäinen, Outi / Jalava, Jari

    Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin

    2019  Band 24, Heft 19

    Abstract: In December 2018, a ceftazidime-avibactam (CAZ-AVI)-resistant KPC-2- ... ...

    Abstract In December 2018, a ceftazidime-avibactam (CAZ-AVI)-resistant KPC-2-producing
    Mesh-Begriff(e) Anti-Bacterial Agents/therapeutic use ; Azabicyclo Compounds/therapeutic use ; Bacterial Proteins/metabolism ; Ceftazidime/therapeutic use ; Drug Combinations ; Drug Resistance, Bacterial ; Humans ; Klebsiella Infections/diagnosis ; Klebsiella Infections/drug therapy ; Klebsiella pneumoniae/drug effects ; Klebsiella pneumoniae/genetics ; Klebsiella pneumoniae/isolation & purification ; Microbial Sensitivity Tests ; Treatment Outcome ; Trimethoprim, Sulfamethoxazole Drug Combination/therapeutic use ; beta-Lactamase Inhibitors/therapeutic use
    Chemische Substanzen Anti-Bacterial Agents ; Azabicyclo Compounds ; Bacterial Proteins ; Drug Combinations ; avibactam, ceftazidime drug combination ; beta-Lactamase Inhibitors ; Trimethoprim, Sulfamethoxazole Drug Combination (8064-90-2) ; Ceftazidime (9M416Z9QNR)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2019-05-14
    Erscheinungsland Sweden
    Dokumenttyp Case Reports ; Journal Article
    ZDB-ID 1338803-4
    ISSN 1560-7917 ; 1025-496X
    ISSN (online) 1560-7917
    ISSN 1025-496X
    DOI 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.19.1900256
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    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (2.OG)
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  10. Artikel ; Online: Molecular epidemiology of carbapenemase-producing Enterobacterales in Finland, 2012-2018.

    Räisänen, Kati / Lyytikäinen, Outi / Kauranen, Jari / Tarkka, Eveliina / Forsblom-Helander, Benita / Grönroos, Juha O / Vuento, Risto / Arifulla, Dinah / Sarvikivi, Emmi / Toura, Saija / Jalava, Jari

    European journal of clinical microbiology & infectious diseases : official publication of the European Society of Clinical Microbiology

    2020  Band 39, Heft 9, Seite(n) 1651–1656

    Abstract: Carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) pose an increasing threat to patient safety and healthcare systems globally. We present molecular epidemiology of CPE in Finland during 2012-2018 with detailed characteristics of CPE strains causing clusters ...

    Abstract Carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) pose an increasing threat to patient safety and healthcare systems globally. We present molecular epidemiology of CPE in Finland during 2012-2018 with detailed characteristics of CPE strains causing clusters during the same time period. All Finnish clinical microbiology laboratories send Enterobacterales isolates with reduced susceptibility to carbapenems or isolates producing carbapenemase to the reference laboratory for further characterization by whole genome sequencing (WGS). In total, 231 CPE strains from 202 patients were identified during 2012-2018. Of the strains, 59% were found by screening and 32% from clinical specimens, the latter were most commonly urine. Travel and/or hospitalization history abroad was reported for 108/171 strains (63%). The most common species were Klebsiella pneumoniae (45%), Escherichia coli (40%), and Citrobacter freundii (6%), and the most common carbapenemase genes bla
    Mesh-Begriff(e) Adolescent ; Adult ; Aged ; Aged, 80 and over ; Bacterial Proteins/metabolism ; Child ; Child, Preschool ; Disease Outbreaks ; Enterobacteriaceae/genetics ; Enterobacteriaceae/isolation & purification ; Enterobacteriaceae/metabolism ; Enterobacteriaceae Infections/epidemiology ; Enterobacteriaceae Infections/microbiology ; Female ; Finland/epidemiology ; Humans ; Infant ; Male ; Middle Aged ; Molecular Epidemiology ; Whole Genome Sequencing ; Young Adult ; beta-Lactamases/metabolism
    Chemische Substanzen Bacterial Proteins ; beta-Lactamases (EC 3.5.2.6) ; carbapenemase (EC 3.5.2.6)
    Sprache Englisch
    Erscheinungsdatum 2020-04-19
    Erscheinungsland Germany
    Dokumenttyp Journal Article
    ZDB-ID 603155-9
    ISSN 1435-4373 ; 0934-9723 ; 0722-2211
    ISSN (online) 1435-4373
    ISSN 0934-9723 ; 0722-2211
    DOI 10.1007/s10096-020-03885-w
    Datenquelle MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE

    Volltext online

    Zusatzmaterialien

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    Verfügbar in ZB MED Köln/Königswinter

    Zs.A 1732: Hefte anzeigen Standort:
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    Jg. 1995 - 2021: Lesesall (1.OG)
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